Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G002256`

染色体: Chr02 坐标: 39996146-40004715 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G002256`
名称	SmilChr02G002256
描述	wings apart-like protein 2
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	39996146 - 40004715 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131013382`
GeneID	`131013382`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131013382`
原始查询	`LOC131013382`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	wings apart-like protein 2
产物	wings apart-like protein 2
Arabidopsis	`AT1G11060` (AT1G11060) WAPL (Wings apart-like protein regulation of heterochromatin) protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837647] identity=45.3; qcov=0.784; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os10g0497000` - identity=36.9; qcov=0.768; evalue=4.51e-121; confidence=medium
GO	GO:0060623 (regulation of chromosome condensation); GO:0071922 (GO:0071922)
KEGG	-
Pfam	PF07814 (WAPL)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131013382

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057797430.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057797430.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057797430.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057797430.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057797430.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:39996503`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B47,C65
`Chr2:39996504`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B59
`Chr2:39996510`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B41,C7,C71
`Chr2:39996636`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	12	B12,B129,B22,B29,B3,B6,B66,B84,B86,B88,B98,C67
`Chr2:39996640`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	12	B12,B129,B22,B29,B3,B6,B66,B84,B86,B88,B98,C67
`Chr2:39997116`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A18
`Chr2:39997497`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A4,B99
`Chr2:39997536`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B74
`Chr2:39997536`	`AT`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B74
`Chr2:39998706`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B2,B7,B81,D10
`Chr2:39998712`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B129,B135,B91,D7
`Chr2:39998907`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A4,B99

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797430.1

1050 aa

525

1050

WAPL

PF07814 WAPL 327-838 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057797430.1`	Pfam	`PF07814`	WAPL	Family	327	838	6.9e-45	154.2	Wings apart-like protein regulation of heterochromatin

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057941447.1
AAATAGAATGAGAAAATTGGATAAGTTAATGGAAGTGTACTACTAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAGTTGCACGAATCAACTACTGAAAACCTCAATTGAATCAACCAAACGGCTCTGATGTCAACCCTATGCTTTCAAACTCTGCTAATTATCCTAATTTAGCCCTACCCGCAACCTACAATTTTCACCCAAATTCAACCTGCAAACCTCTTTTCATTACCTCCAATTGCTCTTATTCAATTCTGTATAGGAGTGTTGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131013382
ATGACCAGGAAATTCTCCGCGGCGAATAGCTCCAACGACGGTGTTTCCGATTCCTCGTCACGGGAATTGCGCCGGGATGTTTACGATTTTAGGTTTCCGGCGCTGGAATCTGGTCGCCGCCCCTGGTCTGATCCATGTAGTGTGAGTCCGTCTCAGGGGTCGAGGCGATTCTCGCTCTCAAGGACGACTGGGGATCGAGATGGTGGTTTTAGGAATTCGAAGAAAGTGAAGGTGATTGATGTCGATTCGGAGCCGTATGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057797430.1
MTRKFSAANSSNDGVSDSSSRELRRDVYDFRFPALESGRRPWSDPCSVSPSQGSRRFSLSRTTGDRDGGFRNSKKVKVIDVDSEPYGSCSTQGSQGIEVFDFSDEGFQNSKKLKKAEFDPFEYNSSEELEGIVVPPQRKGRESGFFDFSEDVDFQKSKKLKTADFDPFEYNSSDELEGIVVPPQRKGREIGVFDFSDVNFQKSKKLNKTDYDPYEYNSSEELEGTVALPQRKGMDIGVFDFSEDVDLWKSKKCKTVGSDT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器