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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002284

染色体: Chr02 坐标: 40312535-40315047 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002284
名称SmilChr02G002284
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At3g49740-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向40312535 - 40315047 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013394
GeneID131013394
locus_tag-
NCBI NameLOC131013394
原始查询LOC131013394

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At3g49740-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At3g49740-like
ArabidopsisAT3G49740 (AT3G49740)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824136]
identity=49.9; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs10g0558600 (PPR13)
-
identity=34.2; qcov=0.989; evalue=2.56e-132; confidence=low
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013394

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057797445.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057797445.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797445.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057797445.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057797445.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:40312787 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B100,B14,C5
Chr2:40312851 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A22,B100,B94,C65
Chr2:40312900 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B62,C28
Chr2:40313042 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B26,C5,C72
Chr2:40313082 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A10,A25,B128,B61,C77
Chr2:40313089 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B109,B68
Chr2:40313107 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B62,B95,C14,C28
Chr2:40313120 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 3 A5,B100,D3
Chr2:40313120 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A5,B100,D3
Chr2:40313162 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A5,B100
Chr2:40313174 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B57
Chr2:40313183 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B109

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797445.1
730 aa
N
1
365
730
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR
E_motif
C
PF01535 PPR 121-150 aa PF01535 PPR 152-177 aa PF13041 PPR_2 251-297 aa PF01535 PPR 253-283 aa PF13812 PPR_3 253-297 aa PF13041 PPR_2 348-393 aa PF01535 PPR 351-381 aa PF01535 PPR 421-448 aa PF01535 PPR 449-478 aa PF01535 PPR 522-547 aa PF13041 PPR_2 548-596 aa PF01535 PPR 550-577 aa PF01535 PPR 587-613 aa PF20431 E_motif 666-727 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797445.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 121 150 4.3e-63 206.0 PPR repeat
XP_057797445.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 152 177 4.3e-63 206.0 PPR repeat
XP_057797445.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 251 297 1.3e-76 253.2 PPR repeat family
XP_057797445.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 253 283 4.3e-63 206.0 PPR repeat
XP_057797445.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 253 297 2.1e-25 89.3 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057797445.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 348 393 1.3e-76 253.2 PPR repeat family
XP_057797445.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 351 381 4.3e-63 206.0 PPR repeat
XP_057797445.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 421 448 4.3e-63 206.0 PPR repeat
XP_057797445.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 449 478 4.3e-63 206.0 PPR repeat
XP_057797445.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 522 547 4.3e-63 206.0 PPR repeat
XP_057797445.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 548 596 1.3e-76 253.2 PPR repeat family
XP_057797445.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 550 577 4.3e-63 206.0 PPR repeat
XP_057797445.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 587 613 4.3e-63 206.0 PPR repeat
XP_057797445.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 666 727 2.9e-15 57.0 E motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941462.1
ACCCCAACCCCTGACCCCCGCCGCCGCCGCCAACTGACCCCCGCCGCCGGCCTCTGCTCTCTCCCTCTCGCCACCCCCATGCTTTCTCTCTCTCTCTCTCCCTCTGCTCTTTCCCTCTCTGCTCTCTCCCTCTGTTCCTCCTCGTCCACCACCTCCCACCACCGCTGACGGCGGCGCCTCCACCCCCACACCCTTCTCCGCCATGGGAAACTGCAACGCCTTATCCGAGCTCCCGAAGCCGACCTCCCAACTAGTCAAAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131013394
ATGGGAAACTGCAACGCCTTATCCGAGCTCCCGAAGCCGACCTCCCAACTAGTCAAACTCAATTGCTTTCTCAAGAACCTCGTCCATGCCCACAGATTCGCCGACGCCCTCCATCTCTTCCAACAAATCCATTCACTCCGCCGCCTCAAACCCGACCACTACACTCTCTCCACCGCCCTCACCGCCTGCGCCAACTCCCGCCAAATCAGAGTGGGCGTTCAACTCCACGCCCTCTGCGTTAAATCCGCCCTTCAAAGCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057797445.1
MGNCNALSELPKPTSQLVKLNCFLKNLVHAHRFADALHLFQQIHSLRRLKPDHYTLSTALTACANSRQIRVGVQLHALCVKSALQSFSHVANALLSFYSKTRDLASVKRVYAGISDPDVYSHTTFLSACTKLGEVDYALMVFDQMPERNVAVWNAMITGCAENGHQGIALDFFRRMRILDVQADNYAFASVLSLCSSGQLDFGRQLHCLVFKNGFLRQGSVVNSLVTMYFNCGSAGDAYGAFEEIGRQVGDEITYNAVIA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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