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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002281

染色体: Chr02 坐标: 40288991-40295052 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002281
名称SmilChr02G002281
描述probable hexosyltransferase MUCI70
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向40288991 - 40295052 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013395
GeneID131013395
locus_tag-
NCBI NameLOC131013395
原始查询LOC131013395

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable hexosyltransferase MUCI70
产物probable hexosyltransferase MUCI70
ArabidopsisAT1G28240 (AT1G28240)
strawberry notch protein (DUF616) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839718]
identity=64.4; qcov=0.877; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0304300
-
identity=52.4; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF04765 (TOD1_MUCI70)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013395

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057797446.1
2 Golgi stack 高尔基堆 0.20000 XP_057797446.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057797446.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797446.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057797446.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:40289257 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B118
Chr2:40289286 TGG T 2bp_deletion frameshift_variant 1 C82
Chr2:40289286 TGG T 2bp_deletion CDS_variant 1 C82
Chr2:40289365 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48
Chr2:40289434 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A9,C7,C71
Chr2:40289454 C CA 1bp_insertion CDS_variant 1 B73
Chr2:40291212 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B106,B73,C31,C76
Chr2:40292581 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B109,B68
Chr2:40292749 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:40293127 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A14,A9,D1
Chr2:40293276 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr2:40293419 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B109,B68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797446.1
602 aa
N
1
301
602
TOD1_MUCI70
C
PF04765 TOD1_MUCI70 208-520 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797446.1 Pfam PF04765 TOD1_MUCI70 Domain 208 520 2.6e-151 504.0 TOD1/MUCI70, glycosyltransferase-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941463.1
CTAAAACTCTAGCGCACATGGCGCATGTTATCCGTCTTCAATCATTCTCCAACCGATTTCATTCATTATTAATACTCATGTAAAAAATCTTTCCTCAAAAAAAAAAATACTCATGTAAAAAATAGTATTCCAATAAGTTACCATCTTTATGCATATATTTCCACAATTTAAACAAAAAATTCAAGAAAAAAATAAACCCAACAACTATTGCATATACATTCTCCAGTTAAAGAAGGGGGCTTGTGAATCTCGATCTAAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131013395
ATGACTACAGGGTCATTGGGTCTTCGATCTTCGGGAAGTTATGGATCGTTGCAGCAAATACAGAATGCCGCATTCTGTTTGCCAATACAAACGACGCCACCTGTCTCAAGGAAGCCGCCTAAGATGCTCAAGGAGAAGGATAGATTCTTCCATTGGATCTTTAAATTCGCCCCTAGAAAGAAGATTGGAATGCTGCTATTGTGTTTTGTGTCCCTCGTCGTTTTCATGTGGGTGTTGATTGTTGGCAAAGGTGAGGAGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057797446.1
MTTGSLGLRSSGSYGSLQQIQNAAFCLPIQTTPPVSRKPPKMLKEKDRFFHWIFKFAPRKKIGMLLLCFVSLVVFMWVLIVGKGEEARENILPRINIDSAPTSDEKIIVIGSSGSQTLELLGSANVTLLPLPQPPPPPPPPPPPPPPVYFTGYKLPPGNPCEHFTLPPPPADKKRTGPRPCPVCYLPLEDAVALMPNASSVSPVIRDLTYIHEENLTKSEFGGSLFGGYPSLRQRSDSYDIRESMSIHCGFVRGVKPGRE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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