Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G002272`

染色体: Chr02 坐标: 40185049-40186545 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G002272`
名称	SmilChr02G002272
描述	tubulin beta-1 chain
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	40185049 - 40186545 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131013400`
GeneID	`131013400`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131013400`
原始查询	`LOC131013400`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	tubulin beta-1 chain
产物	tubulin beta-1 chain
Arabidopsis	`AT1G75780` (TUB1) tubulin beta-1 chain [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843911] identity=96.3; qcov=0.964; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os06g0671900` (OsTUB3) - identity=95.4; qcov=0.964; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0000226 (microtubule cytoskeleton organization); GO:0000278 (mitotic cell cycle); GO:0003924 (GTPase activity); GO:0005200 (structural constituent of cytoskeleton); GO:0005525 (GTP binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0005874 (microtubule)
KEGG	smil04145 (Phagocytosis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04517 (IgSF CAM signaling - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04814 (Motor proteins - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00091 (Tubulin); PF03953 (Tubulin_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131013400

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoskeleton	细胞骨架	0.80000	`XP_057797457.1`
2	Spindle	Spindle	0.40000	`XP_057797457.1`
3	Spindle pole	Spindle pole	0.40000	`XP_057797457.1`
4	Centrosome	中心体	0.20000	`XP_057797457.1`
5	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057797457.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:40185539`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B50,B61,C64
`Chr2:40186268`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B81,C40,C62,C80
`Chr2:40186304`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B107
`Chr2:40186428`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B24,C56

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797457.1

449 aa

224

449

Tubulin

Tubulin_C

PF00091 Tubulin 3-214 aa PF03953 Tubulin_C 264-385 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057797457.1`	Pfam	`PF00091`	Tubulin	Domain	3	214	4e-65	220.4	Tubulin/FtsZ family, GTPase domain
`XP_057797457.1`	Pfam	`PF03953`	Tubulin_C	Domain	264	385	4.7e-40	137.4	Tubulin C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057941474.1
GAAAACACACACACACTATGAGGGAGATCCTGCATATTCAGGGCGGACAATGCGGAAATCAGATCGGCTCCAAATTCTGGGAGGTGATCTGCGATGAGCACGGCGTCGATCCCACCGGCAGGTACAAGGGCGACGGCTCCGAATCCGACACTCAGCTGGAGCGGATCAATGTCTATTTCAATGAGGCTTCAGGCGGGAGGTACGTCCCACGCGCCGTCCTCATGGATCTGGAGCCTGGAACCATGGATTCCATCAGATCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131013400
ATGAGGGAGATCCTGCATATTCAGGGCGGACAATGCGGAAATCAGATCGGCTCCAAATTCTGGGAGGTGATCTGCGATGAGCACGGCGTCGATCCCACCGGCAGGTACAAGGGCGACGGCTCCGAATCCGACACTCAGCTGGAGCGGATCAATGTCTATTTCAATGAGGCTTCAGGCGGGAGGTACGTCCCACGCGCCGTCCTCATGGATCTGGAGCCTGGAACCATGGATTCCATCAGATCCGGTCCCTACGGTCAGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057797457.1
MREILHIQGGQCGNQIGSKFWEVICDEHGVDPTGRYKGDGSESDTQLERINVYFNEASGGRYVPRAVLMDLEPGTMDSIRSGPYGQIFRPDNFVFGQSGAGNNWAKGHYTEGAELIDSVLDVVRKEAENCDCLQGFQVCHSLGGGTGSGMGTLLISKIREEYPDRMMLTFSVFPSPKVSDTVVEPYNATLSVHQLVENADECMVLDNEALYDICFRTLKLSTPSFGDLNHLISATMSGVTCCLRFPGQLNSDLRKLAVNL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器