当前解析结果
SmilChr02G002297| 统一新 Gene ID | SmilChr02G002297 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G002297 |
| 描述 | secretory carrier-associated membrane protein 3-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 40506142 - 40513434 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131013405 |
|---|---|
| GeneID | 131013405 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131013405 |
| 原始查询 | LOC131013405 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | secretory carrier-associated membrane protein 3-like |
| 产物 | secretory carrier-associated membrane protein 3-like |
| Arabidopsis | AT1G61250 (SC3)secretory carrier 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842418] identity=71.4; qcov=1.01; evalue=4.59e-158; confidence=high |
| Rice | Os07g0564600 (SCAMP1)- identity=71.5; qcov=1; evalue=5.49e-165; confidence=high |
| GO | GO:0015031 (protein transport); GO:0032588 (trans-Golgi network membrane); GO:0055038 (recycling endosome membrane) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04144 (SCAMP) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131013405 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasmic vesicle | 细胞质囊泡 | 1.00000 | XP_057797463.1 |
| 2 | Secretory vesicle | Secretory vesicle | 1.00000 | XP_057797463.1 |
| 3 | Vesicle | 囊泡 | 1.00000 | XP_057797463.1 |
| 4 | Endosome | 内体 | 1.00000 | XP_057797463.1 |
| 5 | Trans-golgi network | Trans-golgi network | 0.80000 | XP_057797463.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:40506389 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A24,B139 |
Chr2:40508632 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D7 |
Chr2:40509511 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B77,C47 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057797463.1PF04144
SCAMP 117-288 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057797463.1 |
Pfam | PF04144 |
SCAMP | Family | 117 | 288 | 3.1e-57 | 194.3 | SCAMP family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。