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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002297

染色体: Chr02 坐标: 40506142-40513434 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002297
名称SmilChr02G002297
描述secretory carrier-associated membrane protein 3-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向40506142 - 40513434 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013405
GeneID131013405
locus_tag-
NCBI NameLOC131013405
原始查询LOC131013405

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述secretory carrier-associated membrane protein 3-like
产物secretory carrier-associated membrane protein 3-like
ArabidopsisAT1G61250 (SC3)
secretory carrier 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842418]
identity=71.4; qcov=1.01; evalue=4.59e-158; confidence=high
RiceOs07g0564600 (SCAMP1)
-
identity=71.5; qcov=1; evalue=5.49e-165; confidence=high
GOGO:0015031 (protein transport); GO:0032588 (trans-Golgi network membrane); GO:0055038 (recycling endosome membrane)
KEGG-
PfamPF04144 (SCAMP)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013405

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 1.00000 XP_057797463.1
2 Secretory vesicle Secretory vesicle 1.00000 XP_057797463.1
3 Vesicle 囊泡 1.00000 XP_057797463.1
4 Endosome 内体 1.00000 XP_057797463.1
5 Trans-golgi network Trans-golgi network 0.80000 XP_057797463.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:40506389 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A24,B139
Chr2:40508632 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr2:40509511 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B77,C47

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797463.1
308 aa
N
1
154
308
SCAMP
C
PF04144 SCAMP 117-288 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797463.1 Pfam PF04144 SCAMP Family 117 288 3.1e-57 194.3 SCAMP family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941480.1
GAAAAAAGTGAAAGAAAGTCGGCTAATTACACAACAAGTTTAATCAGGAAAAGAAATATTTAATTCGAAAGCATACACGCTGTCGCTGACCGCAGACAACTTCTCCCCGTTTCTCTCTCTTCTCTTTCTCTCTCCTGATCCTTTTCAACCGTACACTATAATATTCTTCCATCTTAAGCTTCCAGCAATTTTTTAATTTTTTGTATCGTTATTGGAATCGCACTATTTAGATCTAGAAAATCTGCGGTTTGGAGTTTGTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131013405
ATGGCAGGCCGTTACGATCGGAACCCGTTTGAGGAGGAAGAAGAAGTGAATCCATTTGCTGACGGAGGGAGAGGAAAGGCATCAGGACAACCAAAATTTAGTGGTGGCCCATTTTATAATTCTACTGGAAGCGTTCCACCTGCTATAAACTCAAGGCTCTCACCCCTCCCTCCAGAGCCTGCTGATTTCTACAATCCTACTGCGCCAGTAGATATTCCTCTTGATAGTGCTGCTGACCTAAAAAAGAAAGAGAAAGAGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057797463.1
MAGRYDRNPFEEEEEVNPFADGGRGKASGQPKFSGGPFYNSTGSVPPAINSRLSPLPPEPADFYNPTAPVDIPLDSAADLKKKEKELQAKESELKRREQEVRRKEEAAARAGIVLEEKNWPPFFPIIHHDIANEIPIHLQKLQYVAFTTLLGLCFALLWNVIAVTTAWIKLGDAKIWFLAIIYFISGVPGAYVLWYRPLYRAFRTESAMKFGWFFMLYMLHIGFCIFAAVAPPVVFRGKSLTGILPAVDLVGKHVLVGIF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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