Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005928`

染色体: Chr01 坐标: 75076406-75077641 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005928`
名称	SmilChr01G005928
描述	probable E3 ubiquitin-protein ligase ARI8
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	75076406 - 75077641 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131013406`
GeneID	`131013406`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131013406`
原始查询	`LOC131013406`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable E3 ubiquitin-protein ligase ARI8
产物	probable E3 ubiquitin-protein ligase ARI8
Arabidopsis	`AT1G65430` (ARI8) IBR domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842854] identity=46.6; qcov=0.668; evalue=2.5e-57; confidence=high
Rice	`Os04g0492100` - identity=44.8; qcov=0.668; evalue=9.25e-55; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF19422 (Ariadne)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131013406

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057797467.1`
2	Chromosome	染色体	0.20000	`XP_057797467.1`
3	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057797467.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057797467.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057797467.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:75076659`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A5,B33,C75
`Chr1:75076692`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	5	A23,B64,C39,C79,C9
`Chr1:75076692`	`TA`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	5	A23,B64,C39,C79,C9
`Chr1:75076775`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B63,B65
`Chr1:75076811`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B111,C21
`Chr1:75076862`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C39
`Chr1:75076876`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C28
`Chr1:75076876`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C28
`Chr1:75076903`	`G`	`GC`	1bp_insertion	frameshift_variant	4	B110,B136,B65,C85
`Chr1:75076903`	`G`	`GC`	1bp_insertion	CDS_variant	4	B110,B136,B65,C85
`Chr1:75076979`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C63
`Chr1:75077015`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A11,B114,B38,B73,C69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797467.1

331 aa

166

331

Ariadne

PF19422 Ariadne 131-276 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057797467.1`	Pfam	`PF19422`	Ariadne	Domain	131	276	2.2e-11	44.7	Ariadne domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057941484.1
CTCCGCCGCCTGCGGCCATCCCTTCTGCGCCGATTGCTGGAAAACCTACGTCGCGGCGGCGATCGACGACGGCGCCGGATGCCTGACGCTGCGGTGTCCGGAGCCTGGCTGCGGCGTCGCCGTAGGCGTAGATCTGATCGAATCGCTGGCCTCCACCGACGGCAAGGAGAAGTACCATAGATATCTCCGCCAATCCTACGTGGAGGCCAGCCGCCGGAGAAAGTGGTGCCCCGCCCCGGGATGCAATTTCGCCGTCGAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131013406
ATGCAATTTCGCCGTCGAATTCGACGAAGGCGGAGGCGGCGGAGGCTACGATGTGACGTGCGGCTGCTCTCACAAATTCTGCTGGAACTGCGGGGAAGAGCACCACCGCCCCGTCGGCTGCGAGACGGTGGCGAGCTGGTCGGAGAAGAACAATTCGGAGGCGGAGAACACGCAGTGGATCCTCGCCTACACCAAACCCTGCCCCAAATGCCGCCGCTCCATCGAGAAAAACCAAGGCTGCAATTGGATGACATGTCGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057797467.1
MQFRRRIRRRRRRRRLRCDVRLLSQILLELRGRAPPPRRLRDGGELVGEEQFGGGEHAVDPRLHQTLPQMPPLHREKPRLQLDDMSPPCGFRFCWLCGQDSRFHSRCNKYGGPAAGYEKNAKREKARKDLQRYTHYYERWHANEQSRKAAVKDLKTWRDDDGVSKLGEAQAEAPAQLQFVTKAWEQIAECRRVLKWSYAYGYYMEREAPKKVALFEHSQGEAEKQLERLHHCVEKEMGEYLRRPREDFQEFRVRVVDLTV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器