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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002314

染色体: Chr02 坐标: 40754457-40763439 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002314
名称SmilChr02G002314
描述uncharacterized SmilChr02G002314
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向40754457 - 40763439 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013435
GeneID131013435
locus_tag-
NCBI NameLOC131013435
原始查询LOC131013435

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013435

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057797496.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057797499.1
3 Mitochondrion 线粒体 0.40000 XP_057797488.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797496.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057797496.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:40756469 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:40756485 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 5 B107,B134,B43,B59,C15
Chr2:40756485 GT G 1bp_deletion CDS_variant 5 B107,B134,B43,B59,C15
Chr2:40756498 A AAT 2bp_insertion frameshift_variant 24 B1,B119,B128,B134,B16,B31,B43,B45,B47,B59,B74,B80,B85,B95,C15,C24,C29,C36,C52,C55,C59,C85,C9,D5
Chr2:40756523 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B31,C57,C83
Chr2:40756552 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B7,C53
Chr2:40756591 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C84
Chr2:40756594 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B119,B132,C35
Chr2:40757192 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B125,C38
Chr2:40757201 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B125,C21,C24,C38
Chr2:40757739 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A3,B66
Chr2:40757766 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

34 records

下载 cDNA FASTA
XR_009097682.1
TAGAAATTAGAAATAGGTTTATGTCTTGTGTGTATCTCACTACCGTCTACCTGCTCTCCGTTCTCACTCTCTCTGTCGTCTCCGTCATCTCTCCGCCGCCCCCGCCTCCTCAGCTTACAGCAGCAGTGCGCCGCCCTCACCTAGTCTTCCCCGTCGCCCCACCCACCTCCTTCGGCCTCGGCACCTTCGCAGTTTCCAACGCTAAGGTTCCCAACAACAGAATCTGTACAAATTAGAGTCTTATCTTCATTGCTTTAAAC...
XR_009097685.1
TAGAAATTAGAAATAGGTTTATGTCTTGTGTGTATCTCACTACCGTCTACCTGCTCTCCGTTCTCACTCTCTCTGTCGTCTCCGTCATCTCTCCGCCGCCCCCGCCTCCTCAGCTTACAGCAGCAGTGCGCCGCCCTCACCTAGTCTTCCCCGTCGCCCCACCCACCTCCTTCGGCCTCGGCACCTTCGCAGTTTCCAACGCTAAGGTTCCCAACAACAGAATCTGTACAAATTAGAGTCTTATCTTCATTGCTTTAAAC...

CDS

14 records

下载 CDS FASTA
LOC131013435
ATGAGAATGTTTAGGTTTTTAGTGAATCTGTCTCCAAGTACAATTCTCTTTTTTTTTCCCATACCAACAGATTTGATGAAGTTTCCCAAAAGCAGGAAACAACAAAGAAGATGCGTGTTTGCTAGCTGCATTGTTGGCATGGGCGGCATTGGAAATACGACTCTCAGATCACTGACAACAAATAATGCTGCGGAGGATAAAAAGCAAATTGTACCTATAGAAAGTTTAAATCTCATACTAAATATGAGGAGGAAGCAAAG...
LOC131013435
ATGAGAATGTTTAGGTTTTTAGTGAATCTGTCTCCAAGTACAATTCTCTTTTTTTTTCCCATACCAACAGATTTGATGAAGTTTCCCAAAAGCAGGAAACAACAAAGAAGATGCGTGTTTGCTAGCTGCATTGTTGGCATGGGCGGCATTGGAAATACGACTCTCAGGTTGTATATCGCTGTCTGGCTGAGTCCACAAATGGAAACTATCATCATCATTTTTTCCCTCTTTGTCAGATCACTGACAACAAATAATGCTGC...

Protein

14 records

下载 Protein FASTA
XP_057797485.1
MRMFRFLVNLSPSTILFFFPIPTDLMKFPKSRKQQRRCVFASCIVGMGGIGNTTLRRKNCHFLGNACLMLNFSRYDDLFSRLYIAVWLSPQMETIIIIFSLFVRSLTTNNAAEDKKQIVPIESLNLILNMRRKQSALKTKTNYESSEEQKPCLDLVTTTKQVSSSNYVSCDEKLSKSERVPLNSVEDNDKGVSEEDSETNPDVVMIVSLLLSDSPRSLTINAAAEDKKQSVPIERALKTEAIYIVKCRAAGICELIPLLN...
XP_057797486.1
MRMFRFLVNLSPSTILFFFPIPTDLMKFPKSRKQQRRCVFASCIVGMGGIGNTTLRRKNCHFLGNACLMLNFSRYDDLFSRLYIAVWLSPQMETIIIIFSLFVRSLTTNNAAEDKKQIVPIESLNLILNMRRKQSALKTKTNYESSEEQKPCLDLVTTTKQVSSSNYVSCDEKLSKSERVPLNSVEDNDKGVSEEDSETNPDVVMIVSLLLSDSPRSLTINAAAEDKKQSVPIERALKTEAIYIVKCRAAGICELIPLLN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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