Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G002327`

染色体: Chr02 坐标: 40953480-40954485 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G002327`
名称	SmilChr02G002327
描述	dof zinc finger protein DOF5.6-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	40953480 - 40954485 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131013446`
GeneID	`131013446`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131013446`
原始查询	`LOC131013446`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	dof zinc finger protein DOF5.6-like
产物	dof zinc finger protein DOF5.6-like
Arabidopsis	`AT3G52440` (AT3G52440) Dof-type zinc finger DNA-binding family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824409] identity=76.8; qcov=0.26; evalue=2e-33; confidence=weak
Rice	`Os02g0707200` (OsDof7) - identity=85.7; qcov=0.211; evalue=3.26e-31; confidence=weak
GO	GO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG	-
Pfam	PF02701 (Zn_ribbon_Dof)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131013446

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057797510.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057797510.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057797510.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057797510.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057797510.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:40953635`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C30
`Chr2:40953683`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A23,B29,C31,D1
`Chr2:40953815`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr2:40953851`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B41
`Chr2:40953852`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B136
`Chr2:40953896`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B13
`Chr2:40953896`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B13
`Chr2:40953899`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B13
`Chr2:40954041`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B31,B50,C86
`Chr2:40954124`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr2:40954136`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B104,B26,C5
`Chr2:40954184`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797510.1

265 aa

132

265

Zn_ribbon_Dof

PF02701 Zn_ribbon_Dof 39-93 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057797510.1`	Pfam	`PF02701`	Zn_ribbon_Dof	Family	39	93	2.4e-33	114.8	Dof domain, zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057941527.1
CCTTCTACACTCAAATCTATTACACAACCACCTCGTACTTATACTCTTATATATACCACATAATCACACACACAAAAACAACCCTAAAAAAACCCCTAATTAACAAAAAAAAAAAAAAAACACATGGATGGAGCAAGAAATGAAGAGGGTCCCATGCAGCAACAAGATCTCCAGCAGCGAGCGCGGCCGCCGGAGAACCATGCGGCCGCCCAAGGCCACGGTCACCAGCCGTCGCCACCGAGGTGCCCGCGTTGCGACTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131013446
ATGGATGGAGCAAGAAATGAAGAGGGTCCCATGCAGCAACAAGATCTCCAGCAGCGAGCGCGGCCGCCGGAGAACCATGCGGCCGCCCAAGGCCACGGTCACCAGCCGTCGCCACCGAGGTGCCCGCGTTGCGACTCCTCCAACACCAAGTTTTGTTACTACAACAACTACAGCCTCTCTCAGCCTAGGTACTTTTGCAAGGCTTGCCGGAGGTACTGGACTCACGGCGGATCCCTAAGGAACGTCCCCGTCGGCGGTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057797510.1
MDGARNEEGPMQQQDLQQRARPPENHAAAQGHGHQPSPPRCPRCDSSNTKFCYYNNYSLSQPRYFCKACRRYWTHGGSLRNVPVGGGCRKSKRPRVSSPSSSSNTLAPRPQGVLTAAARPQNPTAVIAGQPSRPVAPSLGGGFYASGSFMSSLAAMQTGGMNPGAAAMGGGGRLGSNMALLQGMSFQSLRSPPPTHFFPPRQNLIPPGTFSSWTQSVISAGATSSSAASAAGMWSSSSGGGGDRAGSSFAANQWSDCNPG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器