Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002334

染色体: Chr02 坐标: 41031885-41035458 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002334
名称SmilChr02G002334
描述protein NUCLEAR FUSION DEFECTIVE 6, mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向41031885 - 41035458 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013453
GeneID131013453
locus_tag-
NCBI NameLOC131013453
原始查询LOC131013453

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein NUCLEAR FUSION DEFECTIVE 6, mitochondrial-like
产物protein NUCLEAR FUSION DEFECTIVE 6%2C mitochondrial-like
ArabidopsisAT1G28395 (AT1G28395)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839737]
identity=58.1; qcov=0.813; evalue=7.25e-20; confidence=low
RiceOs01g0238800
-
identity=58; qcov=0.549; evalue=1.1e-09; confidence=low
GOGO:0005739 (mitochondrion)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013453

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057797521.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 0.20000 XP_057797521.1
3 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 0.20000 XP_057797521.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057797526.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797526.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:41033011 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A4,B81
Chr2:41033482 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B139
Chr2:41033512 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A14,C43
Chr2:41033714 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A3
Chr2:41033771 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B76,C62,D8
Chr2:41033786 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C86
Chr2:41033804 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

7 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941543.1
CCTAATTGAAATTGATGTATGCGTTGGAGCGTATGTTTCTTTCTTCTTCGCTTCTCCTAGCAATCTAAATCGCCGCTGCCGCGCCGCCGCCAACGCCACCGTCGACCGCTGCTCGCCCGCCAAGCTTCAGCGCCATCGTCGACCGAAAGAATAGTCGCCCTCCTCGCTGCTGCACAACCCAGCCGCACCCTCTCTTCTCTATATCGTCACCCGGCGACGCCGTCAACCGCCGCCCTCCGTCCGCCGCTGCAAGTCCCCCG...
XM_057941544.1
TAATTGAAATTGATGTATGCGTTGGAGCGTATGTTTCTTTCTTCTTCGCTTCTCCTAGCAATCTAAATCGCCGCTGCCGCGCCGCCGCCAACGCCACCGTCGACCGCTGCTCGCCCGCCAAGCTTCAGCGCCATCGTCGACCGAAAGAATAGTCGACTTTCTATAGTCAATAAGCACACCATGGCCGCCTTCGCCGCCAGATCAGCCCTTCGCTCCGCCGCCCGTAGCGCCACCGCCAGAATATCCCCCGGCCTCAAGCC...

CDS

7 records

下载 CDS FASTA
LOC131013453
ATGGCCGCCTTCGCCGCCAGATCAGCCCTTCGCTCCGCCGCCCGTAGCGCCACCGCCAGAATATCCCCCGGCCTCAAGCCTAGGGCTGCTCCCTCTCCATTTCGCATCTCATCTCAAAGTCCGCTCTCCGCTCGCATTTTCAGGTCTCCCGTAGAGATGAGCTGTGTTAGCTTAATGTCTATGTTGCCGTACCACTCTGCAACCGCCTCCGCCGTGCTCACTTCCATGCTATCCGTCGCGCCTCGCGGTCACGGTTGGAG...
LOC131013453
ATGGCCGCCTTCGCCGCCAGATCAGCCCTTCGCTCCGCCGCCCGTAGCGCCACCGCCAGAATATCCCCCGGCCTCAAGCCTAGGGCTGCTCCCTCTCCATTTCGCATCTCATCTCAAAGTCCGCTCTCCGCTCGCATTTTCAGGTCTCCCGTAGAGATGAGCTGTGTTAGCTTAATGTCTATGTTGCCGTACCACTCTGCAACCGCCTCCGCCGTGCTCACTTCCATGCTATCCGTCGCGCCTCGCGGTCACGGTTGGAG...

Protein

7 records

下载 Protein FASTA
XP_057797521.1
MAAFAARSALRSAARSATARISPGLKPRAAPSPFRISSQSPLSARIFRSPVEMSCVSLMSMLPYHSATASAVLTSMLSVAPRGHGWSIEDSNDDV
XP_057797522.1
MAAFAARSALRSAARSATARISPGLKPRAAPSPFRISSQSPLSARIFRSPVEMSCVSLMSMLPYHSATASAVLTSMLSVAPRGHGWSIEDSNDDV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器