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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002345

染色体: Chr02 坐标: 41225137-41228688 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002345
名称SmilChr02G002345
描述receptor-like protein kinase HSL1
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向41225137 - 41228688 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013461
GeneID131013461
locus_tag-
NCBI NameLOC131013461
原始查询LOC131013461

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like protein kinase HSL1
产物receptor-like protein kinase HSL1
ArabidopsisAT1G28440 (HSL1)
HAESA-like 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839742]
identity=68.1; qcov=0.997; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0239700
-
identity=58.9; qcov=0.988; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0033612 (receptor serine/threonine kinase binding)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13516 (LRR_6); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013461

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057797537.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057797537.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797537.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057797537.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057797537.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:41225317 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:41225351 ACT A 2bp_deletion frameshift_variant 2 B131,C2
Chr2:41225351 ACT A 2bp_deletion CDS_variant 2 B131,C2
Chr2:41225564 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A16,C30
Chr2:41225608 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B40,B47,B8,B89,D5
Chr2:41225691 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B55,B56,B96,D7
Chr2:41225719 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B136
Chr2:41225848 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B122,C37
Chr2:41225908 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B136
Chr2:41226000 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr2:41226030 A ATG 2bp_insertion frameshift_variant 1 B74
Chr2:41226030 A ATG 2bp_insertion CDS_variant 1 B74

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797537.1
990 aa
N
1
495
990
LRRNT_2
LRR_8
LRR_6
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 23-63 aa PF13855 LRR_8 114-151 aa PF13516 LRR_6 139-153 aa PF00560 LRR_1 140-159 aa PF00560 LRR_1 189-211 aa PF00560 LRR_1 237-259 aa PF00560 LRR_1 310-329 aa PF00560 LRR_1 453-475 aa PF00560 LRR_1 502-522 aa PF00560 LRR_1 525-547 aa PF00560 LRR_1 550-571 aa PF00560 LRR_1 572-590 aa PF00069 Pkinase 687-894 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 687-955 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797537.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 23 63 2.8e-11 44.2 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057797537.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 114 151 4.9e-31 107.0 Leucine rich repeat
XP_057797537.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 139 153 2.9e-05 24.5 Leucine Rich repeat
XP_057797537.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 140 159 3.8e-46 145.8 Leucine Rich Repeat
XP_057797537.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 189 211 3.8e-46 145.8 Leucine Rich Repeat
XP_057797537.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 237 259 3.8e-46 145.8 Leucine Rich Repeat
XP_057797537.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 310 329 3.8e-46 145.8 Leucine Rich Repeat
XP_057797537.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 453 475 3.8e-46 145.8 Leucine Rich Repeat
XP_057797537.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 502 522 3.8e-46 145.8 Leucine Rich Repeat
XP_057797537.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 525 547 3.8e-46 145.8 Leucine Rich Repeat
XP_057797537.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 550 571 3.8e-46 145.8 Leucine Rich Repeat
XP_057797537.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 572 590 3.8e-46 145.8 Leucine Rich Repeat
XP_057797537.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 687 894 2.9e-42 145.6 Protein kinase domain
XP_057797537.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 687 955 8.7e-39 134.1 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941554.1
TATCAAAGTTTCCATTTTACCAATATAACTTGAAGCACACACAAATAAAGTTTCCTCATAGCCATAAGAGTATATAAAAACAAACCAACCATTTTTCAAATCTCTCTCACTCCAAAAACATGTCCATTCTCTAAAAACCAAACCCACCGCCGCAAAAATGCACCACCGCCGCTTCTTCTTCCTACTCCTCCTGGTTTCTCTCTCCCCCTCCCTCACTCTCTCTCTCAACAAAGAAGGCCTCTTCCTCCAGAAAGCCAAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131013461
ATGCACCACCGCCGCTTCTTCTTCCTACTCCTCCTGGTTTCTCTCTCCCCCTCCCTCACTCTCTCTCTCAACAAAGAAGGCCTCTTCCTCCAGAAAGCCAAGCTCAACTTCGACGACCCCAATGCCGCCCTCGCCAACTGGAATCCCGACGACGAAACCCCATGCAACTGGAACGGCGTCGTATGCGACTCCTCCGCCTCCGTCGTCTCGCTCGACCTCTCCAGCTCCAGCCTCTCTGGCCCCTTTCCTTCCGTCCTATG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057797537.1
MHHRRFFFLLLLVSLSPSLTLSLNKEGLFLQKAKLNFDDPNAALANWNPDDETPCNWNGVVCDSSASVVSLDLSSSSLSGPFPSVLCRLQRLSSISFYDNFINSTLPDDDLAACLALQHLDLAQNYLTGALPRRVAELPSLTYLDLTGNNFSGDIPASYGTFQKLEVLALVENLLEGVIPSFLGNISTLKMLNLSYNPLSPGRIPPELGNLTNLEVLWLTQTSLIGEIPDSLGRLSKLTDLDLAYNGLAGSIPSSLTQLT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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