当前解析结果
SmilChr02G002370| 统一新 Gene ID | SmilChr02G002370 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G002370 |
| 描述 | GDSL esterase/lipase At5g45960-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 41503870 - 41505828 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131013482 |
|---|---|
| GeneID | 131013482 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131013482 |
| 原始查询 | LOC131013482 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | GDSL esterase/lipase At5g45960-like |
| 产物 | GDSL esterase/lipase At5g45960-like |
| Arabidopsis | AT5G45960 (AT5G45960)GDSL-like Lipase/Acylhydrolase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834636] identity=46.5; qcov=0.92; evalue=1.58e-108; confidence=high |
| Rice | Os09g0132200 (OsGELP97)- identity=44.8; qcov=0.87; evalue=1.77e-90; confidence=medium |
| GO | GO:0016788 (hydrolase activity, acting on ester bonds) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00657 (Lipase_GDSL) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131013482 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.80000 | XP_057797552.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057797552.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057797552.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057797552.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057797552.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:41504043 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C17 |
Chr2:41504456 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B14 |
Chr2:41504573 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B132 |
Chr2:41505003 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C10 |
Chr2:41505027 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B57,B64 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057797552.1PF00657
Lipase_GDSL 39-348 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057797552.1 |
Pfam | PF00657 |
Lipase_GDSL | Family | 39 | 348 | 1.4e-34 | 120.8 | GDSL-like Lipase/Acylhydrolase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。