Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G002373`

染色体: Chr02 坐标: 41549344-41557368 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G002373`
名称	SmilChr02G002373
描述	nudix hydrolase 15, mitochondrial-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	41549344 - 41557368 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131013485`
GeneID	`131013485`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131013485`
原始查询	`LOC131013485`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	nudix hydrolase 15, mitochondrial-like
产物	nudix hydrolase 15%2C mitochondrial-like
Arabidopsis	`AT1G28960` (NUDX15) nudix hydrolase homolog 15 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839773] identity=64.1; qcov=0.78; evalue=2.62e-87; confidence=high
Rice	`Os08g0375900` (OJ1705_C03.104-1) - identity=58.7; qcov=0.78; evalue=7.57e-75; confidence=high
GO	GO:0003986 (acetyl-CoA hydrolase activity); GO:0010945 (coenzyme A diphosphatase activity); GO:0015938 (coenzyme A catabolic process)
KEGG	-
Pfam	PF00293 (NUDIX)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131013485

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057797562.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057797562.1`
3	Peroxisome	过氧化物酶体	0.20000	`XP_057797562.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057797562.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057797562.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:41552433`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	C19,C32,C34,C68,C82
`Chr2:41552472`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A18
`Chr2:41552623`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B89,C76,C84
`Chr2:41553426`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B89
`Chr2:41553448`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B113

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797562.1

236 aa

118

236

NUDIX

PF00293 NUDIX 50-129 aa

XP_057797563.1

236 aa

118

236

NUDIX

PF00293 NUDIX 50-129 aa

XP_057797564.1

236 aa

118

236

NUDIX

PF00293 NUDIX 50-129 aa

XP_057797565.1

236 aa

118

236

NUDIX

PF00293 NUDIX 50-129 aa

XP_057797566.1

236 aa

118

236

NUDIX

PF00293 NUDIX 50-129 aa

XP_057797567.1

236 aa

118

236

NUDIX

PF00293 NUDIX 50-129 aa

XP_057797569.1

236 aa

118

236

NUDIX

PF00293 NUDIX 50-129 aa

XP_057797570.1

236 aa

118

236

NUDIX

PF00293 NUDIX 50-129 aa

XP_057797571.1

236 aa

118

236

NUDIX

PF00293 NUDIX 50-129 aa

XP_057797572.1

236 aa

118

236

NUDIX

PF00293 NUDIX 50-129 aa

XP_057797573.1

236 aa

118

236

NUDIX

PF00293 NUDIX 50-129 aa

XP_057797574.1

236 aa

118

236

NUDIX

PF00293 NUDIX 50-129 aa

XP_057797575.1

236 aa

118

236

NUDIX

PF00293 NUDIX 50-129 aa

XP_057797576.1

236 aa

118

236

NUDIX

PF00293 NUDIX 50-129 aa

XP_057797577.1

236 aa

118

236

NUDIX

PF00293 NUDIX 50-129 aa

XP_057797578.1

236 aa

118

236

NUDIX

PF00293 NUDIX 50-129 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057797562.1`	Pfam	`PF00293`	NUDIX	Domain	50	129	3.2e-12	47.3	NUDIX domain
`XP_057797563.1`	Pfam	`PF00293`	NUDIX	Domain	50	129	3.2e-12	47.3	NUDIX domain
`XP_057797564.1`	Pfam	`PF00293`	NUDIX	Domain	50	129	3.2e-12	47.3	NUDIX domain
`XP_057797565.1`	Pfam	`PF00293`	NUDIX	Domain	50	129	3.2e-12	47.3	NUDIX domain
`XP_057797566.1`	Pfam	`PF00293`	NUDIX	Domain	50	129	3.2e-12	47.3	NUDIX domain
`XP_057797567.1`	Pfam	`PF00293`	NUDIX	Domain	50	129	3.2e-12	47.3	NUDIX domain
`XP_057797569.1`	Pfam	`PF00293`	NUDIX	Domain	50	129	3.2e-12	47.3	NUDIX domain
`XP_057797570.1`	Pfam	`PF00293`	NUDIX	Domain	50	129	3.2e-12	47.3	NUDIX domain
`XP_057797571.1`	Pfam	`PF00293`	NUDIX	Domain	50	129	3.2e-12	47.3	NUDIX domain
`XP_057797572.1`	Pfam	`PF00293`	NUDIX	Domain	50	129	3.2e-12	47.3	NUDIX domain
`XP_057797573.1`	Pfam	`PF00293`	NUDIX	Domain	50	129	3.2e-12	47.3	NUDIX domain
`XP_057797574.1`	Pfam	`PF00293`	NUDIX	Domain	50	129	3.2e-12	47.3	NUDIX domain
`XP_057797575.1`	Pfam	`PF00293`	NUDIX	Domain	50	129	3.2e-12	47.3	NUDIX domain
`XP_057797576.1`	Pfam	`PF00293`	NUDIX	Domain	50	129	3.2e-12	47.3	NUDIX domain
`XP_057797577.1`	Pfam	`PF00293`	NUDIX	Domain	50	129	3.2e-12	47.3	NUDIX domain
`XP_057797578.1`	Pfam	`PF00293`	NUDIX	Domain	50	129	3.2e-12	47.3	NUDIX domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

16 records

下载 cDNA FASTA

XM_057941595.1
GCCATATCCCATGCTCCAATCAATTCATTCATACCTTATTTCACAAAATCTTTCACAATCCCTCTCTTTCACAAGTAGCAGAATTCAGGAGCAAAAGATACTCTTTCACAATTTCTCCAAACTTGTTGCAGGTGGCTCTGAATCTTTGATTTTCTTTTCCGAAAACTGCTGTTACGATGAATTCCGGCGGCTCAGGAAGATCAGAAAACCTGGTGAAATTAGCCCAACGCCTCCGCCAAGAATTTTGCGATCACAATTTT...

XM_057941588.1
GCCATATCCCATGCTCCAATCAATTCATTCATACCTTATTTCACAAAATCTTTCACAATCCCTCTCTTTCACAAGTAGCAGAATTCAGGAGCAAAAGATACTCTTTCACAAGTAGCAGAATTCAGGAGCAAAAGATAATTTCATAGGTGAGCTTTAAACCTGAGTTTCTTCGATTCTTGCTTGGTTCATCTTGCAAATTGAAGGAAACAATATCTGCAAATTCTATCCTTTTCTATAGCTCCATTTAAGAAGTATCAGTA...

CDS

16 records

下载 CDS FASTA

LOC131013485
ATGAATTCCGGCGGCTCAGGAAGATCAGAAAACCTGGTGAAATTAGCCCAACGCCTCCGCCAAGAATTTTGCGATCACAATTTTGATGCTAGCGTCAGTGGTAGTGATTCAAGAGTTGATGAATCTGCAGCTGAACCGATCAAACCCAACAGAGCTGCGATTTTGATCTGTTTGTTTGAAGATGAAAAGGGCGATCTTCGCGTGATTCTTACTAGGAGATCTTCAAAATTGTCATCTCACTCTGGTGAAGTTGCTTTGCC...

Protein

16 records

下载 Protein FASTA

XP_057797562.1
MNSGGSGRSENLVKLAQRLRQEFCDHNFDASVSGSDSRVDESAAEPIKPNRAAILICLFEDEKGDLRVILTRRSSKLSSHSGEVALPGGKRDENDVDDVDTALREANEEIGLNPSMVEVITILEPFHTRINITVVPVVGVIWDRKAFNPVPNAAEVESVFDAPLQMFLKDENRRQEEREWKGHKYLLQFFDHKIENETYVIWALTAGVLIKVASVVYQRPPAFDERRPPFWSISHR

XP_057797563.1
MNSGGSGRSENLVKLAQRLRQEFCDHNFDASVSGSDSRVDESAAEPIKPNRAAILICLFEDEKGDLRVILTRRSSKLSSHSGEVALPGGKRDENDVDDVDTALREANEEIGLNPSMVEVITILEPFHTRINITVVPVVGVIWDRKAFNPVPNAAEVESVFDAPLQMFLKDENRRQEEREWKGHKYLLQFFDHKIENETYVIWALTAGVLIKVASVVYQRPPAFDERRPPFWSISHR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器