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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002444

染色体: Chr02 坐标: 42685394-42686428 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002444
名称SmilChr02G002444
描述transcription repressor OFP5-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向42685394 - 42686428 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013542
GeneID131013542
locus_tag-
NCBI NameLOC131013542
原始查询LOC131013542

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述transcription repressor OFP5-like
产物transcription repressor OFP5-like
ArabidopsisAT4G18830 (OFP5)
ovate family protein 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827617]
identity=43; qcov=0.546; evalue=5.51e-30; confidence=medium
RiceOs05g0477200 (OsOFP15)
-
identity=68.8; qcov=0.246; evalue=1.07e-21; confidence=weak
GOGO:0045892 (negative regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
PfamPF04844 (Ovate)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013542

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057797643.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057797643.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057797643.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797643.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057797643.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:42685563 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B87
Chr2:42685747 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B135,C27,C44
Chr2:42685750 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A10,B6,B68,C3,C67
Chr2:42685911 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B82
Chr2:42685991 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C3
Chr2:42686284 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 1 B140
Chr2:42686284 G GA 1bp_insertion CDS_variant 1 B140
Chr2:42686314 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797643.1
260 aa
N
1
130
260
Ovate
C
PF04844 Ovate 195-251 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797643.1 Pfam PF04844 Ovate Family 195 251 6.8e-25 87.6 Transcriptional repressor, ovate

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941660.1
CTCTCTCTATAAAACCAAACCAACCCACCACGTCTCTCTTTAAACACCCTAACCGCCTCCTAACTGTATTATCCCTCCATTATTCACCCAACTCAACTCCTCATCAAAACTTACATTTCATTCCACCCAAAAATCCTCCCAATAATTCAAAACATGAAGTGGCCGAATCGCAAATCTTCATCTCTCATCAATCGCGTCTTCTCCAAATTCAAGCGCACCTCATCCAAGACCACCAAGAACCATATGCATAACAATTCCCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131013542
ATGAAGTGGCCGAATCGCAAATCTTCATCTCTCATCAATCGCGTCTTCTCCAAATTCAAGCGCACCTCATCCAAGACCACCAAGAACCATATGCATAACAATTCCCTCGATTTTCCCTCTCCGAATCCATCCTTGTACCGACAAGGCAGATTCTACAGCATGGACGAAGACGACGCGTATTGGAGAATCTCCTTCGGCGGCGACGACAGAATCCAGCCGCGGCGGAGCACCGGCGGGATCAACACAGATTCCGACATGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057797643.1
MKWPNRKSSSLINRVFSKFKRTSSKTTKNHMHNNSLDFPSPNPSLYRQGRFYSMDEDDAYWRISFGGDDRIQPRRSTGGINTDSDMFAGFARLGLAEAEAEAPKRNFTEMVSDIKRMREKQRIPDERRVKDIKVKSEVGVRRSKERGRGVKAYSPRSECKIRALQEMKKARSKAKRRAPPPRNTVFDSFAVVKSSVDPHRDFKESMVEMIREKGIGHPDDLEELLACYLTLNCDEYHDMIVTVFRQVWVDLKPNVSHFDS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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