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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002470

染色体: Chr02 坐标: 43098215-43100259 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002470
名称SmilChr02G002470
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g46460, mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向43098215 - 43100259 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013568
GeneID131013568
locus_tag-
NCBI NameLOC131013568
原始查询LOC131013568

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g46460, mitochondrial-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At5g46460%2C mitochondrial-like
ArabidopsisAT5G46460 (AT5G46460)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834689]
identity=50.9; qcov=0.899; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0317100
-
identity=34; qcov=0.892; evalue=3.04e-106; confidence=low
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013568

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057797670.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057797670.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797670.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057797670.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057797670.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:43098417 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:43098633 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B40
Chr2:43098658 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A10,B6,C67
Chr2:43098904 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A10,B6,C67
Chr2:43099030 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B42,B43,B70,C57,C58
Chr2:43099244 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 D11,D8
Chr2:43099634 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A7,B130,B54,C79,C81
Chr2:43099823 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B107
Chr2:43099823 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr2:43099917 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A7,B126,B80,C42
Chr2:43100047 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797670.1
573 aa
N
1
286
573
PPR
PPR
PPR_2
PPR_1
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR_2
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR
PPR
E_motif
C
PF01535 PPR 57-77 aa PF01535 PPR 84-114 aa PF13041 PPR_2 112-143 aa PF12854 PPR_1 113-140 aa PF01535 PPR 115-142 aa PF01535 PPR 147-176 aa PF13041 PPR_2 174-222 aa PF01535 PPR 177-207 aa PF13041 PPR_2 275-323 aa PF01535 PPR 278-308 aa PF13041 PPR_2 376-424 aa PF13812 PPR_3 377-423 aa PF01535 PPR 379-409 aa PF01535 PPR 414-442 aa PF01535 PPR 452-475 aa PF20431 E_motif 495-555 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797670.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 57 77 3.5e-66 215.7 PPR repeat
XP_057797670.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 84 114 3.5e-66 215.7 PPR repeat
XP_057797670.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 112 143 3.4e-70 232.7 PPR repeat family
XP_057797670.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 113 140 1.7e-42 143.6 PPR repeat
XP_057797670.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 115 142 3.5e-66 215.7 PPR repeat
XP_057797670.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 147 176 3.5e-66 215.7 PPR repeat
XP_057797670.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 174 222 3.4e-70 232.7 PPR repeat family
XP_057797670.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 177 207 3.5e-66 215.7 PPR repeat
XP_057797670.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 275 323 3.4e-70 232.7 PPR repeat family
XP_057797670.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 278 308 3.5e-66 215.7 PPR repeat
XP_057797670.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 376 424 3.4e-70 232.7 PPR repeat family
XP_057797670.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 377 423 3.7e-18 66.1 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057797670.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 379 409 3.5e-66 215.7 PPR repeat
XP_057797670.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 414 442 3.5e-66 215.7 PPR repeat
XP_057797670.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 452 475 3.5e-66 215.7 PPR repeat
XP_057797670.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 495 555 7.7e-18 65.2 E motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941687.1
CCGTTAAAAAAATAGTGCAAAACGCTCTGAAGCTGAGAGATAAGCTTGGATTTACAGTCGCAATACATCACATTCGTTGATGGAGATTTCGTCAGTTCTTAATTTCATGGATTGAGAAGGACAGCTCCTTTTACAGTTTTCTCAGCATGATCAGAAATGCCAACATTTCGCGCCACGTTCAAAAGTTTTCCTTTTTCCAGAAGAATTTCGCCGATTCAAGAACGCCTTCATCTTCATCAACAAATCACCACAACGCCTAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131013568
ATGCCAACATTTCGCGCCACGTTCAAAAGTTTTCCTTTTTCCAGAAGAATTTCGCCGATTCAAGAACGCCTTCATCTTCATCAACAAATCACCACAACGCCTATCAATTCCAACAACCGAAGATCCCCAAATGAAACGACTTCGTCTCGCGATGTGTACTCACGCACAAAGATGATCTCTTCTTACGTGAACGACTTCAGATTGGATGATGCACTGCAGCTGTTCGATGAAACGCCGCTTAGAGACACAGTCATGTGGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057797670.1
MPTFRATFKSFPFSRRISPIQERLHLHQQITTTPINSNNRRSPNETTSSRDVYSRTKMISSYVNDFRLDDALQLFDETPLRDTVMWNSIIKGCVSCGSLEMGFNLFNEMPEKNVVSWTTMISAFLKHGMVEEAKGLFQEMPARDTAAWNAVVHGLFANRRVEEATRLFEAMPDKNVISWTTMISGLDQIGKNDEALSMFVKMVGIGVKPTSSTLCSVLSSCGKLGEFCLGSQIHGQVAKLGYVLDTYVIASLITFYANCK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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