Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002476

染色体: Chr02 坐标: 43122815-43132804 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002476
名称SmilChr02G002476
描述pre-mRNA-processing factor 39-2
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向43122815 - 43132804 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013570
GeneID131013570
locus_tag-
NCBI NameLOC131013570
原始查询LOC131013570

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pre-mRNA-processing factor 39-2
产物pre-mRNA-processing factor 39-2
ArabidopsisAT5G46400 (PRP39-2)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834683]
identity=46.4; qcov=0.412; evalue=3.21e-113; confidence=low
RiceOs08g0379000
-
identity=44.7; qcov=0.394; evalue=1.59e-106; confidence=low
GOGO:0000243 (commitment complex); GO:0000395 (mRNA 5'-splice site recognition); GO:0005515 (protein binding); GO:0005685 (U1 snRNP); GO:0006396 (RNA processing); GO:0071004 (U2-type prespliceosome)
KEGG-
PfamPF23240 (HAT_PRP39_N); PF23241 (HAT_PRP39_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013570

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057797673.1
2 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057797675.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797673.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057797673.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057797673.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:43123291 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B111,B114,B134
Chr2:43123359 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 C5,D3
Chr2:43123359 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C5,D3
Chr2:43123399 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B135,C44,D3
Chr2:43123562 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A15,B3,B41,C56,C65
Chr2:43124147 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B87
Chr2:43124233 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D8
Chr2:43124324 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B21,B52,C55
Chr2:43124348 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B87
Chr2:43124380 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B87
Chr2:43124616 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A1,A13,B117,C27
Chr2:43124651 TCA T 2bp_deletion frameshift_variant 1 C33

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797673.1
1183 aa
N
1
592
1183
HAT_PRP39_N
HAT_PRP39_C
C
PF23240 HAT_PRP39_N 52-215 aa PF23241 HAT_PRP39_C 290-429 aa
XP_057797674.1
1149 aa
N
1
574
1149
HAT_PRP39_N
HAT_PRP39_C
C
PF23240 HAT_PRP39_N 18-181 aa PF23241 HAT_PRP39_C 256-395 aa
XP_057797675.1
1053 aa
N
1
526
1053
HAT_PRP39_N
HAT_PRP39_C
C
PF23240 HAT_PRP39_N 2-85 aa PF23241 HAT_PRP39_C 160-299 aa
XP_057797676.1
1005 aa
N
1
502
1005
HAT_PRP39_C
C
PF23241 HAT_PRP39_C 112-251 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797673.1 Pfam PF23240 HAT_PRP39_N Repeat 52 215 4.8e-43 147.8 PRP39 N-terminal HAT repeat
XP_057797673.1 Pfam PF23241 HAT_PRP39_C Repeat 290 429 3.6e-43 147.7 PRP39 C-terminal HAT repeat
XP_057797674.1 Pfam PF23240 HAT_PRP39_N Repeat 18 181 4.2e-43 148.0 PRP39 N-terminal HAT repeat
XP_057797674.1 Pfam PF23241 HAT_PRP39_C Repeat 256 395 3.2e-43 147.8 PRP39 C-terminal HAT repeat
XP_057797675.1 Pfam PF23240 HAT_PRP39_N Repeat 2 85 1.6e-19 71.3 PRP39 N-terminal HAT repeat
XP_057797675.1 Pfam PF23241 HAT_PRP39_C Repeat 160 299 3.6e-41 141.2 PRP39 C-terminal HAT repeat
XP_057797676.1 Pfam PF23241 HAT_PRP39_C Repeat 112 251 3.4e-41 141.3 PRP39 C-terminal HAT repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941691.1
GCCCTTCTCCAGATCTTATTTTAGGCTACCAAAATAGATTTACCAAACGCAATTAAGGACAAATAATCTGATGGATTATAGCTACTGTATCCGAATTTAAACTATATGGGCTAATCCCTTACAATTTACAAAGCAGCAAACACGCATTTACACGCCCTGAGAGAAAAGGAGAAGAACTCATGGCGAATGCAGAAACACATGAAATGCTACTGGTATGGAAACCCTAATAGGCGGAAGTGGTGGTTGATTGCAAGCTCTTT...
XM_057941690.1
ACCAAAATAGATTTACCAAACGCAATTAAGGACAAATAATCTGATGGATTATAGCTACTGTATCCGAATTTAAACTATATGGGCTAATCCCTTACAATTTACAAAGCAGCAAACACGCATTTACACGCCCTGAGAGAAAAGGAGAAGAACTCATGGCGAATGCAGAAACACATGAAATGCTACTGGTATGGAAACCCTAATAGGCGGAAGTGGTGGTTGATTGCAAGCTCTTTCAATGACAGCGCAGAGTTCCGCCGCCG...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131013570
ATGACAGCGCAGAGTTCCGCCGCCGCAAGTTCAAGCATCAGTCTTTCTCAGAAAGTTAGCAATGTAATTTCTGGCTGCCCGCAAGACTACAATGCCTGGAGATCGTTGATTTTGGAGCTCGAAACTGCATCGCCAGAGGATATAAATACTATTTCCCTAGCATATGACTCCTTTTTGTCAAGATTCCCATTGTGTCATTGGCATTTGGAGAAATATGCTCATCAGAAGGCAAAGTTTTGCAACTCTCAAGAAGCTGTTGA...
LOC131013570
ATGACAGCGCAGAGTTCCGCCGCCGCAAGTTCAAAGAAGAACAGGCTTCTTTTTTCCCCCCTTTCTGTTTGTTTGATCAATTGGTGTATAACGAGGTGCCCCATTGAAAAAGTTTGGGTTCTATTCACCCATTTATGCATCAGTCTTTCTCAGAAAGTTAGCAATGTAATTTCTGGCTGCCCGCAAGACTACAATGCCTGGAGATCGTTGATTTTGGAGCTCGAAACTGCATCGCCAGAGGATATAAATACTATTTCCCT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057797673.1
MTAQSSAAASSKKNRLLFSPLSVCLINWCITRCPIEKVWVLFTHLCISLSQKVSNVISGCPQDYNAWRSLILELETASPEDINTISLAYDSFLSRFPLCHWHLEKYAHQKAKFCNSQEAVDIYERAVEVAMYSVGFWADYFTFAATCFESPVDIRRLFERAISFVGKDYFCHVLWDKYMKYEFNQEGWSFLAQSYIWALRFPTKKLRLYYDNFKQFVANLEEEIGYEKYDSTVEQLSVPCAAIDLSKDEISLVIKDMLDS...
XP_057797674.1
MTAQSSAAASSSISLSQKVSNVISGCPQDYNAWRSLILELETASPEDINTISLAYDSFLSRFPLCHWHLEKYAHQKAKFCNSQEAVDIYERAVEVAMYSVGFWADYFTFAATCFESPVDIRRLFERAISFVGKDYFCHVLWDKYMKYEFNQEGWSFLAQSYIWALRFPTKKLRLYYDNFKQFVANLEEEIGYEKYDSTVEQLSVPCAAIDLSKDEISLVIKDMLDSSDRPLKSKALDRYRSIGEEFYLEACRLDEKVKRF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器