Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G002497`

染色体: Chr02 坐标: 43407786-43411815 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G002497`
名称	SmilChr02G002497
描述	transcription factor bHLH144
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	43407786 - 43411815 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131013590`
GeneID	`131013590`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131013590`
原始查询	`LOC131013590`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	transcription factor bHLH144
产物	transcription factor bHLH144
Arabidopsis	`AT1G29950` (AT1G29950) basic helix-loop-helix (bHLH) DNA-binding superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:6240759] identity=35.9; qcov=1.04; evalue=4.92e-31; confidence=medium
Rice	`Os03g0591300` (OsbHLH140) - identity=43.6; qcov=0.86; evalue=2.74e-46; confidence=medium
GO	GO:0046983 (protein dimerization activity)
KEGG	-
Pfam	PF23173 (bHLH_SAC51); PF28581 (BHLH144_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131013590

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057797700.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057797700.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057797700.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057797700.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057797700.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:43408127`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B69,C48,C7
`Chr2:43408162`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B20,C72
`Chr2:43408226`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B42,B43,B70,C57,C58
`Chr2:43408254`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B44
`Chr2:43408255`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B21
`Chr2:43408264`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B30,B36,B51,C37
`Chr2:43408265`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B20,B55,C30,C40
`Chr2:43408283`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,D11
`Chr2:43408297`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C60
`Chr2:43408358`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr2:43408529`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,D11
`Chr2:43408536`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797700.1

235 aa

118

235

BHLH144_N

bHLH_SAC51

PF28581 BHLH144_N 44-99 aa PF23173 bHLH_SAC51 181-231 aa

XP_057797701.1

235 aa

118

235

BHLH144_N

bHLH_SAC51

PF28581 BHLH144_N 44-99 aa PF23173 bHLH_SAC51 181-231 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057797700.1`	Pfam	`PF28581`	BHLH144_N	Domain	44	99	1.2e-26	92.8	Basic helix-loop-helix protein 144 N-terminal domain
`XP_057797700.1`	Pfam	`PF23173`	bHLH_SAC51	Domain	181	231	3.9e-14	53.0	Transcription factor SAC51 bHLH domain
`XP_057797701.1`	Pfam	`PF28581`	BHLH144_N	Domain	44	99	1.2e-26	92.8	Basic helix-loop-helix protein 144 N-terminal domain
`XP_057797701.1`	Pfam	`PF23173`	bHLH_SAC51	Domain	181	231	3.9e-14	53.0	Transcription factor SAC51 bHLH domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057941718.1
ATGTCAAAAGGTTGGAATTAAATATTTTTACGAATTCCAATATTAGATACGCAATTTGTCAAACACCTCGTGGACGCCTACCTTTTTCTCATCACGCGTGCTCGCCCATCCGACGGCCACCACCGCTTCCGCATCGCACGGAAACCCCCCATCCCACGGCCCTCCTTCGCCTACTTTGACCCCCCACTCTCACTCATCCCCATACTTACTGCATTTAATAATCTTCACACGCCACTCCACCACTACTTTTTTTCTCTCTC...

XM_057941717.1
TAGATACGCAATTTGTCAAACACCTCGTGGACGCCTACCTTTTTCTCATCACGCGTGCTCGCCCATCCGACGGCCACCACCGCTTCCGCATCGCACGGAAACCCCCCATCCCACGGCCCTCCTTCGCCTACTTTGACCCCCCACTCTCACTCATCCCCATACTTACTGCATTTAATAATCTTCACACGCCACTCCACCACTACTTTTTTTCTCTCTCTCAAAAAAAATATCATCTCTTTCGTGTTTGGGTGCTCATTATT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131013590
ATGCATAGCAACCAGCCAAACTTCCCTGCAAAGCCAATGCCGCCACTTGGTGATCAAGTGGGCTATTACACGCAAAATGCTCGTATGGCTTCTCTCTTTGATGGGCTCGTTGCCCCCGGTATTATTAAACCCCGTACGCCTTTTGGTAACGTTGATATCCAACCTACTGAGGCCTGTCCAAGAAACTTCATAATCTTCGACCAAACCAAGAACCGAAGCCAGATCATGCTGCACCCGGAGATAAGCTCCAAAATGTTCTA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057797700.1
MHSNQPNFPAKPMPPLGDQVGYYTQNARMASLFDGLVAPGIIKPRTPFGNVDIQPTEACPRNFIIFDQTKNRSQIMLHPEISSKMFYPGFGVETTLFQENLDQKEANDEGEATASQLKEDSDDIDALLGTEYDEDESGDEVSTARTNAIYECSSPDSCSNYESVSKRSRSHFKKSTESCGNDKKRQRVRKMVRALRGIVPGANRMSSVAVLDEAVRYLKSLRVEVKKLGVGSSNE

XP_057797701.1
MHSNQPNFPAKPMPPLGDQVGYYTQNARMASLFDGLVAPGIIKPRTPFGNVDIQPTEACPRNFIIFDQTKNRSQIMLHPEISSKMFYPGFGVETTLFQENLDQKEANDEGEATASQLKEDSDDIDALLGTEYDEDESGDEVSTARTNAIYECSSPDSCSNYESVSKRSRSHFKKSTESCGNDKKRQRVRKMVRALRGIVPGANRMSSVAVLDEAVRYLKSLRVEVKKLGVGSSNE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器