当前解析结果
SmilChr02G002502| 统一新 Gene ID | SmilChr02G002502 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G002502 |
| 描述 | uncharacterized protein ycf23-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 43519242 - 43523394 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131013600 |
|---|---|
| GeneID | 131013600 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131013600 |
| 原始查询 | LOC131013600 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os05g0565400; species=rice; confidence=high |
| 产物 | hit=Os05g0565400; species=rice; confidence=high |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os05g0565400- identity=78.5; qcov=0.765; evalue=6.36e-129; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04481 (DUF561) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131013600 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057797707.1 |
| 2 | Chloroplast stroma | 叶绿体基质 | 1.00000 | XP_057797707.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057797707.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057797707.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057797707.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:43519394 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C41 |
Chr2:43520901 |
G |
GA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | C74 |
Chr2:43520901 |
G |
GA |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | C74 |
Chr2:43522413 |
T |
TA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | B98 |
Chr2:43522413 |
T |
TA |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | B98 |
Chr2:43523185 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B5 |
Chr2:43523219 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C62 |
Chr2:43523219 |
GA |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C62 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057797707.1PF04481
DUF561 52-286 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057797707.1 |
Pfam | PF04481 |
DUF561 | Family | 52 | 286 | 4.9e-86 | 288.6 | Protein of unknown function (DUF561) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。