当前解析结果
SmilChr01G005992| 统一新 Gene ID | SmilChr01G005992 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G005992 |
| 描述 | receptor-like protein 7 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 75527745 - 75528917 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131013601 |
|---|---|
| GeneID | 131013601 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131013601 |
| 原始查询 | LOC131013601 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | receptor-like protein 7 |
| 产物 | receptor-like protein 7 |
| Arabidopsis | AT4G13810 (RLP47)receptor like protein 47 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827015] identity=31.7; qcov=1.04; evalue=1.16e-32; confidence=low |
| Rice | Os01g0132100- identity=38.3; qcov=0.703; evalue=2.08e-43; confidence=medium |
| GO | GO:0005515 (protein binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00560 (LRR_1); PF08263 (LRRNT_2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131013601 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057797710.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057797710.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057797710.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057797710.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057797710.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:75528002 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C15,C49,D5 |
Chr1:75528030 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B129,B60,C35 |
Chr1:75528043 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B119 |
Chr1:75528044 |
AC |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 2 | B82,C83 |
Chr1:75528044 |
AC |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 2 | B82,C83 |
Chr1:75528059 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C59 |
Chr1:75528072 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A3,B110,B134,C42 |
Chr1:75528074 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C28 |
Chr1:75528143 |
T |
TGC |
2bp_insertion | frameshift_variant | 6 | B119,B136,B3,B47,B61,D7 |
Chr1:75528147 |
TGC |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 6 | B119,B136,B3,B47,B61,D7 |
Chr1:75528174 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A20,B69,C30,C69 |
Chr1:75528197 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B16 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057797710.1PF08263
LRRNT_2 35-76 aa
PF00560
LRR_1 155-175 aa
PF00560
LRR_1 251-271 aa
PF00560
LRR_1 274-293 aa
PF00560
LRR_1 325-345 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057797710.1 |
Pfam | PF08263 |
LRRNT_2 | Family | 35 | 76 | 1.7e-07 | 32.1 | Leucine rich repeat N-terminal domain |
XP_057797710.1 |
Pfam | PF00560 |
LRR_1 | Repeat | 155 | 175 | 4.3e-22 | 74.1 | Leucine Rich Repeat |
XP_057797710.1 |
Pfam | PF00560 |
LRR_1 | Repeat | 251 | 271 | 4.3e-22 | 74.1 | Leucine Rich Repeat |
XP_057797710.1 |
Pfam | PF00560 |
LRR_1 | Repeat | 274 | 293 | 4.3e-22 | 74.1 | Leucine Rich Repeat |
XP_057797710.1 |
Pfam | PF00560 |
LRR_1 | Repeat | 325 | 345 | 4.3e-22 | 74.1 | Leucine Rich Repeat |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。