Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G002522`

染色体: Chr02 坐标: 43825725-43828713 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G002522`
名称	SmilChr02G002522
描述	alkaline ceramidase TOD1-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	43825725 - 43828713 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131013613`
GeneID	`131013613`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131013613`
原始查询	`LOC131013613`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	alkaline ceramidase TOD1-like
产物	alkaline ceramidase TOD1-like
Arabidopsis	`AT5G46220` (AT5G46220) transmembrane protein (DUF616) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834664] identity=59.6; qcov=0.924; evalue=1.31e-166; confidence=high
Rice	`Os01g0210400` - identity=51.8; qcov=0.977; evalue=1.43e-145; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF04765 (TOD1_MUCI70)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131013613

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Golgi apparatus	高尔基体	1.00000	`XP_057797730.1`
2	Golgi stack	高尔基堆	0.20000	`XP_057797730.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057797730.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057797730.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057797730.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:43825940`	`G`	`GCA`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	B127
`Chr2:43825940`	`G`	`GCA`	2bp_insertion	CDS_variant	1	B127
`Chr2:43825942`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B127
`Chr2:43825942`	`G`	`GA`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B127
`Chr2:43825980`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B55
`Chr2:43826178`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B107
`Chr2:43827211`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B102
`Chr2:43827251`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B35
`Chr2:43827322`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C28
`Chr2:43827443`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B140,C43
`Chr2:43827451`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B42,B43,B70,C57,C58
`Chr2:43827473`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B102

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797730.1

437 aa

218

437

TOD1_MUCI70

PF04765 TOD1_MUCI70 101-398 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057797730.1`	Pfam	`PF04765`	TOD1_MUCI70	Domain	101	398	4.2e-103	345.7	TOD1/MUCI70, glycosyltransferase-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057941747.1
GGAACCTCATTTTTACGACCGAAGGAACTACTAACATCCCCGCGTATGTAACAAAAAGTTTACGATAACTACACACTCCTTAATTATTCCATTTCCAAATTCGAACCTAAATTTGCAAGCTTTAATATGATGAGAACATGGTGGGGGACCGATGCAACCGAATAATGCCAGCGGCCAGCCTGCAGATGGAAGTTTCTCTGTCATAATTCTTTCAAATATCATCGAAAATTCCGAATGTCCGAATTGGAATTTTCTCACAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131013613
ATGGAGAAGCCTACAACTTGCACGCTACTCCTCCAATCCAAACTCCTCTGCTTCTCTCTCATCTACGTTCTCTCCGCCGTCTACCTCTCTCTCTCCTCCACCAAATGCCTTATCCGGCCACCCTCCGCCGCCCCGCCTCCCTTCTCTTACCCTCCATCTTATGGAGAAAACAAGCATGCCATTCCCACCATGCGTTCATCTTGCAACTCCCCTGTTTTTTTCTCAGATTACTCGGTGGTGTTGAAGAAAATGGAGATGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057797730.1
MEKPTTCTLLLQSKLLCFSLIYVLSAVYLSLSSTKCLIRPPSAAPPPFSYPPSYGENKHAIPTMRSSCNSPVFFSDYSVVLKKMEMNSENATIFGERSLRYMQENDESFGGNLSLKKRLSHFVQSDYGDEIPCGFFKPFPISNSDQIAMEKCNGVVVVTAIFNDHDKIRQPRNLRPKTWNHVCFFVFVDDATIKGLYSHNLMSRDTKESKIGVWRVVRVRSEDLYDNPAMNGVIPKHLLHRLFPNTKYSIWVDAKLQLMI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器