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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G002529`

染色体: Chr02 坐标: 43998527-44004981 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G002529`
名称	SmilChr02G002529
描述	cullin-4-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	43998527 - 44004981 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131013622`
GeneID	`131013622`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131013622`
原始查询	`LOC131013622`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	cullin-4-like
产物	cullin-4-like
Arabidopsis	`AT5G46210` (CUL4) cullin4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834663] identity=78.1; qcov=0.989; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os02g0746000` (CUL3A) - identity=39.8; qcov=0.915; evalue=2.45e-180; confidence=medium
GO	GO:0006511 (ubiquitin-dependent protein catabolic process); GO:0016567 (protein ubiquitination); GO:0031461 (cullin-RING ubiquitin ligase complex); GO:0031625 (ubiquitin protein ligase binding)
KEGG	smil03420 (Nucleotide excision repair - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04120 (Ubiquitin mediated proteolysis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00888 (Cullin); PF10557 (Cullin_Nedd8); PF26557 (Cullin_AB)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131013622

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057797739.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057797739.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057797739.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057797739.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057797739.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:43998714`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B63,B83
`Chr2:43998924`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D4
`Chr2:44001044`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B7
`Chr2:44001243`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B120
`Chr2:44001588`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	88	A1,A10,A11,A21,A22,A23,A24,A3,A4,A9,B101,B102,B109,B114,B119,B122,B123,B124,B127,B128,B130,B131,B132,B135,B138,B139,B140,B16,B17,B18,B20,B22,B25,B26,B28,B3,B31,B32,B33,B35,B41,B44,B46,B53,B55,B58,B62,B65,B68,B69,B7,B74,B78,B80,B84,B85,B93,B95,B99,C14,C16,C17,C2,C22,C23,C24,C25,C26,C48,C53,C58,C6,C60,C62,C63,C64,C66,C7,C70,C72,C76,C78,C8,C82,C84,C87,D10,D4
`Chr2:44001673`	`T`	`TA`	1bp_insertion	frameshift_variant	90	A1,A10,A11,A21,A22,A23,A24,A3,A4,A9,B101,B102,B109,B114,B118,B119,B122,B123,B124,B127,B128,B131,B132,B135,B138,B139,B140,B16,B17,B18,B20,B22,B25,B26,B28,B3,B31,B32,B33,B35,B37,B41,B44,B46,B53,B55,B58,B6,B62,B65,B68,B69,B7,B74,B78,B80,B84,B85,B93,B95,B99,C14,C16,C17,C2,C22,C23,C24,C25,C26,C48,C53,C58,C6,C60,C62,C63,C64,C66,C7,C70,C72,C76,C78,C8,C82,C84,C87,D10,D4
`Chr2:44001675`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	90	A1,A10,A11,A21,A22,A23,A24,A3,A4,A9,B101,B102,B109,B114,B118,B119,B122,B123,B124,B127,B128,B131,B132,B135,B138,B139,B140,B16,B17,B18,B20,B22,B25,B26,B28,B3,B31,B32,B33,B35,B37,B41,B44,B46,B53,B55,B58,B6,B62,B65,B68,B69,B7,B74,B78,B80,B84,B85,B93,B95,B99,C14,C16,C17,C2,C22,C23,C24,C25,C26,C48,C53,C58,C6,C60,C62,C63,C64,C66,C7,C70,C72,C76,C78,C8,C82,C84,C87,D10,D4
`Chr2:44001687`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B131,B35
`Chr2:44003489`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr2:44003715`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A10,B114,B85,C72
`Chr2:44004699`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D8
`Chr2:44004705`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797739.1

823 aa

412

823

Cullin

Cullin_AB

Cullin_Nedd8

PF00888 Cullin 127-568 aa PF26557 Cullin_AB 591-724 aa PF10557 Cullin_Nedd8 755-815 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057797739.1`	Pfam	`PF00888`	Cullin	Repeat	127	568	2.3e-151	505.9	Cullin alpha solenoid domain
`XP_057797739.1`	Pfam	`PF26557`	Cullin_AB	Domain	591	724	6.3e-48	163.1	Cullin alpha+beta domain
`XP_057797739.1`	Pfam	`PF10557`	Cullin_Nedd8	Domain	755	815	6.6e-25	87.7	Cullin protein neddylation domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057941756.1
TTGATTTCAATTCTCTGCAAAAAAGAAAGAAAAAAAAGTTTCTTCTCTCCTATAATGAGGAGCTCGAGCTTTCCTTGAGATTCATCACTCTTTCTATGTCTCACCCCGCCTCCTCCACCTCCACCTCCAACCCCAGCAAGCGCTCCTCCTCCTCCCCTCATTCCGCCGCCGCAGCAGCTCCAATTCTCCCCGCGATGAAGAAGGCCAAGTCGCAGTCGCAGCACAATACTCCCCACGTCCACTTCTCCGACGCACCCGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131013622
ATGTCTCACCCCGCCTCCTCCACCTCCACCTCCAACCCCAGCAAGCGCTCCTCCTCCTCCCCTCATTCCGCCGCCGCAGCAGCTCCAATTCTCCCCGCGATGAAGAAGGCCAAGTCGCAGTCGCAGCACAATACTCCCCACGTCCACTTCTCCGACGCACCCGCCCTCTCGCCGATGATCGAGGACGATCCCAACGACGCCGTGCTCGAGGCCTCCTCCCCTTCCAGTGCCTTCGGCCGCACCGGCGCTGCCTCCGGCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057797739.1
MSHPASSTSTSNPSKRSSSSPHSAAAAAPILPAMKKAKSQSQHNTPHVHFSDAPALSPMIEDDPNDAVLEASSPSSAFGRTGAASGGGVTANLSRKKATLPQPTKKLVIKLNKAKPMLPVDFEENTWATLKSAISAIFLKQPNPCDLEKLYQAVNDLCLHKMGGSLYQRIEKECETYISAALQSLVGQSEDLVVFLSLVQKRWQDFCDQMLMIRGIALYLDRTYVKQTPNVRSLWDMGLQLFHKHLSLASEVERKTVFGL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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