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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002544

染色体: Chr02 坐标: 44294146-44296288 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002544
名称SmilChr02G002544
描述uncharacterized SmilChr02G002544
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向44294146 - 44296288 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013635
GeneID131013635
locus_tag-
NCBI NameLOC131013635
原始查询LOC131013635

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述myosin heavy chain-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825662]; symbol=AT4G03620; hit=AT4G03620; species=arabidopsis; confidence=medium
产物myosin heavy chain-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825662]; symbol=AT4G03620; hit=AT4G03620; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT4G03620 (AT4G03620)
myosin heavy chain-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825662]
identity=42; qcov=1.01; evalue=2.36e-66; confidence=medium
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013635

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057797747.1
2 Nucleus membrane 核膜 0.40000 XP_057797747.1
3 Cytoskeleton 细胞骨架 0.20000 XP_057797747.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057797747.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797747.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:44294533 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A9,B74
Chr2:44294595 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B122,B13
Chr2:44294669 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B113,B5
Chr2:44294700 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C30,C36,C40,C85
Chr2:44294769 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B2,B65,C19
Chr2:44295000 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:44295031 TCG T 2bp_deletion frameshift_variant 1 B32
Chr2:44295031 TCG T 2bp_deletion CDS_variant 1 B32

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941764.1
CAACACCGACTATAAACCAGTGTCATCATAATTGATAATGCTATAAAATAGGAGGAGAGAGAAAGAGGAGAGAGAAGCAGGGGAGGGTCTGCAAAGCAACCTCTCTTCTTTGGATCTCTCAATTGTTTTAATATATCATACTTGATTTCAATAGGTACAGGTATTTGATTCAAGAGAGAAAAACATAAAAAAAAAAAAAGAAAAAGTGGGTATTTTCTATTGTAATTTGCTGGCCCATTTTGTTTGTCTTATATGTTCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131013635
ATGAGCCAAGTTCGTGCAAATTCATCTCCTGACTTGGATTTTCCCAGTACAGGAAAGGATCAAAGATATGATGATTTGGCATTACAAGGGGTAGCTGCAAATGTAAAATTACTGCTAAAACTAATCCAAGATCATCAATTAGCCTGTGATCATGACAAAAGTGATCATAGAAGAATGTTGAGGGTAGCTACAATGATGACAATTTTGGATAATGCGAAGGACAGAATCCAGAAATGCCAATCATTTGGCCTCAAGAAACC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057797747.1
MSQVRANSSPDLDFPSTGKDQRYDDLALQGVAANVKLLLKLIQDHQLACDHDKSDHRRMLRVATMMTILDNAKDRIQKCQSFGLKKPDSELRRCNTDLRRNPVPPGKKPSGGAGAVAVVIEEEEVDEEKERLRRELSSSIAAQRNLRAMCSSLGKEKKFMEAELSKKVHELSEMEELLNNLKAQNETLRQKVQECLSDHKERKAGGGGGEMSVALVLQERNKALSEQLMRSLDGYRSMKRKLKVAQEENTMLHSTVDEVG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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