Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G002546`

染色体: Chr02 坐标: 44313032-44315288 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G002546`
名称	SmilChr02G002546
描述	F-box protein SKIP19-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	44313032 - 44315288 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131013638`
GeneID	`131013638`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131013638`
原始查询	`LOC131013638`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	F-box protein SKIP19-like
产物	F-box protein SKIP19-like
Arabidopsis	`AT4G05460` (AT4G05460) RNI-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825896] identity=51.6; qcov=1.02; evalue=3.62e-99; confidence=high
Rice	`Os02g0317300` (OsFbox086) - identity=40.7; qcov=0.835; evalue=1.8e-62; confidence=medium
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF00646 (F-box); PF12937 (F-box-like); PF13516 (LRR_6); PF24758 (LRR_At5g56370)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131013638

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057797749.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057797749.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057797749.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057797749.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057797749.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:44313402`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A8,B106,B76
`Chr2:44313475`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr2:44313501`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B122,B13
`Chr2:44314562`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B7
`Chr2:44314589`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	C37
`Chr2:44314589`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C37
`Chr2:44314651`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B47,B72,C31,C4
`Chr2:44314759`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B10
`Chr2:44314807`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797749.1

309 aa

154

309

F-box

F-box-like

LRR_At5g56370

LRR_6

PF00646 F-box 14-56 aa PF12937 F-box-like 14-60 aa PF24758 LRR_At5g56370 180-228 aa PF13516 LRR_6 194-212 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057797749.1`	Pfam	`PF00646`	F-box	Domain	14	56	8.5e-06	26.2	F-box domain
`XP_057797749.1`	Pfam	`PF12937`	F-box-like	Domain	14	60	6e-10	39.5	F-box-like
`XP_057797749.1`	Pfam	`PF24758`	LRR_At5g56370	Repeat	180	228	1.2e-13	52.0	FBD-associated F-box protein At5g56370, LRR repeats
`XP_057797749.1`	Pfam	`PF13516`	LRR_6	Repeat	194	212	1e-05	25.9	Leucine Rich repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057941766.1
AAAGATTGACTTGTTCAAGAAAAAGAAAAAAAAAAGCTCGTGCGATTCATTTATCAGCTAACGTTTACTCCAGAAGCATTTTGCACCCTTCAAAATCCACTCAATCTCCAAACCCTAAAAATCTCGCCTTTCCAAATCCCAAATTCAAAACTTCCCCCGAAATCAAACACGTTAAATCCCCCAAAACGGAAGATCAGATGTCGTCCTCGTCGAGCCCGAAGGAGGCGGCGCCGCCGTGGCTGGAATTGCCGCGGGAGATA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131013638
ATGTCGTCCTCGTCGAGCCCGAAGGAGGCGGCGCCGCCGTGGCTGGAATTGCCGCGGGAGATAACTTCGGCGATTCTGCACAAGTTGGGGGCGATCGAGATACTGACGACTGCACAGAGTGTATGCACTGCGTGGCAGAGTGTTTGCCGAGACCCTTCAATGTGGCGGTGCATCGACATGCGAAATACTGGCGATCTCTGGGACATGCCGTACAATTTGGAGAAGATGTGCCGCCACGCAGTCGATCGCAGCCAGGGCCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057797749.1
MSSSSSPKEAAPPWLELPREITSAILHKLGAIEILTTAQSVCTAWQSVCRDPSMWRCIDMRNTGDLWDMPYNLEKMCRHAVDRSQGQLIDINIEYFGTDELLHYISQRSSQLRRLQLVFSYGITGDGLIEAVKKFPLLEELHLYYTSIDAQAIEAIGRLCPHLKSFTSNNRWYKQEYLVCDMDARAIAENMPQLRHLQLFGNKMTNEGLQAILDGCPHLELLDLRQCFNIHFGGNIGRLCTQRIRDLRRPHDSTDDYPFD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器