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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005999

染色体: Chr01 坐标: 75567792-75580539 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005999
名称SmilChr01G005999
描述receptor-like protein 6
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向75567792 - 75580539 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013649
GeneID131013649
locus_tag-
NCBI NameLOC131013649
原始查询LOC131013649

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like protein 6
产物receptor-like protein 6
ArabidopsisAT1G45616 (RLP6)
receptor like protein 6 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841101]
identity=35; qcov=0.568; evalue=3.78e-127; confidence=medium
RiceOs12g0211500
-
identity=37.2; qcov=0.58; evalue=3.9e-154; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00560 (LRR_1); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013649

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057797762.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057797762.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797762.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057797762.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057797762.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:75567798 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 17 A16,B20,B24,B34,B37,B42,B43,B52,B61,B8,C12,C23,C48,C68,C70,C78,C87
Chr1:75567806 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 24 A11,A5,A8,B10,B44,B53,B61,B67,B92,C14,C2,C24,C33,C42,C49,C56,C60,C64,C67,C70,C75,D10,D11,D2
Chr1:75567821 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B101,C82
Chr1:75567878 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B84,C65
Chr1:75567937 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 2 B108,B12
Chr1:75567937 C CT 1bp_insertion CDS_variant 2 B108,B12
Chr1:75567958 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 2 B1,B88
Chr1:75567958 AC A 1bp_deletion CDS_variant 2 B1,B88
Chr1:75567977 CGA C 2bp_deletion frameshift_variant 2 B1,B88
Chr1:75567977 CGA C 2bp_deletion CDS_variant 2 B1,B88
Chr1:75568005 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B89,C43
Chr1:75568100 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B140,B40,B82,C68,C73

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797762.1
1669 aa
N
1
834
1669
LRRNT_2
LRR_8
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRRNT_2
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
C
PF08263 LRRNT_2 27-68 aa PF13855 LRR_8 201-261 aa PF00560 LRR_1 202-224 aa PF13855 LRR_8 226-286 aa PF00560 LRR_1 251-273 aa PF00560 LRR_1 351-369 aa PF00560 LRR_1 444-459 aa PF00560 LRR_1 486-508 aa PF00560 LRR_1 609-631 aa PF13855 LRR_8 609-668 aa PF00560 LRR_1 633-655 aa PF08263 LRRNT_2 763-802 aa PF00560 LRR_1 984-1006 aa PF13855 LRR_8 1059-1118 aa PF00560 LRR_1 1083-1103 aa PF00560 LRR_1 1275-1294 aa PF00560 LRR_1 1298-1316 aa PF00560 LRR_1 1321-1343 aa PF00560 LRR_1 1486-1508 aa PF13855 LRR_8 1486-1545 aa PF00560 LRR_1 1510-1532 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797762.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 27 68 2.1e-13 51.0 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057797762.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 201 261 1e-79 262.9 Leucine rich repeat
XP_057797762.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 202 224 7.6e-80 246.1 Leucine Rich Repeat
XP_057797762.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 226 286 1e-79 262.9 Leucine rich repeat
XP_057797762.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 251 273 7.6e-80 246.1 Leucine Rich Repeat
XP_057797762.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 351 369 7.6e-80 246.1 Leucine Rich Repeat
XP_057797762.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 444 459 7.6e-80 246.1 Leucine Rich Repeat
XP_057797762.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 486 508 7.6e-80 246.1 Leucine Rich Repeat
XP_057797762.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 609 631 7.6e-80 246.1 Leucine Rich Repeat
XP_057797762.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 609 668 1e-79 262.9 Leucine rich repeat
XP_057797762.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 633 655 7.6e-80 246.1 Leucine Rich Repeat
XP_057797762.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 763 802 2.1e-13 51.0 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057797762.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 984 1006 7.6e-80 246.1 Leucine Rich Repeat
XP_057797762.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 1059 1118 1e-79 262.9 Leucine rich repeat
XP_057797762.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 1083 1103 7.6e-80 246.1 Leucine Rich Repeat
XP_057797762.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 1275 1294 7.6e-80 246.1 Leucine Rich Repeat
XP_057797762.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 1298 1316 7.6e-80 246.1 Leucine Rich Repeat
XP_057797762.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 1321 1343 7.6e-80 246.1 Leucine Rich Repeat
XP_057797762.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 1486 1508 7.6e-80 246.1 Leucine Rich Repeat
XP_057797762.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 1486 1545 1e-79 262.9 Leucine rich repeat
XP_057797762.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 1510 1532 7.6e-80 246.1 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941779.1
ATGCTTCCAAAGTTGTTCTTCATCATTTCTACACTAATTTCCTCCTTCATCTTCTCTCATTCTTACTCCCAGTGTCTTCACCATCAGAAAACTTTGCTGCTTCAACTCAAGGATGAGTTGAGCTTCGATTCTTCCGTTTCAACAAAATTGGTGCGATGGAATGAAAGTGATGAGTGCTGCAAGTGGCACGGTGTGGACTGTGATGCTGCTGGCTACGTCGTTAGTTTGCAGCTCGATCGTGAGTCCATTTCTGGTGGAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131013649
ATGCTTCCAAAGTTGTTCTTCATCATTTCTACACTAATTTCCTCCTTCATCTTCTCTCATTCTTACTCCCAGTGTCTTCACCATCAGAAAACTTTGCTGCTTCAACTCAAGGATGAGTTGAGCTTCGATTCTTCCGTTTCAACAAAATTGGTGCGATGGAATGAAAGTGATGAGTGCTGCAAGTGGCACGGTGTGGACTGTGATGCTGCTGGCTACGTCGTTAGTTTGCAGCTCGATCGTGAGTCCATTTCTGGTGGAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057797762.1
MLPKLFFIISTLISSFIFSHSYSQCLHHQKTLLLQLKDELSFDSSVSTKLVRWNESDECCKWHGVDCDAAGYVVSLQLDRESISGGITDSSSLFRLLHLQKLNLAYNSFNNTPIPKGIHNLTYLTHLNLSDAGFGGQVPAEISSLRRLVCLDISYDDRISVKLETLVQNLTGLRELYLDHDVNVTSNDLSTELPDLFTNFPSLTTLSLCGCGLKGSIPSTFANLTNLIRLDLSSNSFLGSLSSTLFEGLSNLVYLDLRSN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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