Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G000060`

染色体: Chr02 坐标: 772169-773644 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G000060`
名称	SmilChr02G000060
描述	uncharacterized SmilChr02G000060
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	772169 - 773644 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131013653`
GeneID	`131013653`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131013653`
原始查询	`LOC131013653`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=weak
产物	hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis	`AT1G43760` (AT1G43760) DNAse I-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840968] identity=25.6; qcov=0.788; evalue=1.36e-36; confidence=low
Rice	`Os06g0484800` - identity=24.6; qcov=0.796; evalue=1.37e-38; confidence=weak
GO	GO:0003824 (catalytic activity)
KEGG	-
Pfam	PF03372 (Exo_endo_phos); PF14529 (Exo_endo_phos_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131013653

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057797764.1`
2	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057797764.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057797764.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057797764.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057797764.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:772175`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	C48
`Chr2:772175`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C48
`Chr2:772181`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr2:772190`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B1,B104,B86,B89,C75
`Chr2:772196`	`CG`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	129	A13,A14,A16,A18,A21,A22,A24,A4,A5,A6,A7,A8,A9,B1,B10,B100,B103,B105,B107,B108,B114,B115,B120,B122,B124,B126,B128,B129,B130,B132,B135,B136,B137,B138,B139,B16,B17,B18,B19,B2,B24,B25,B28,B30,B31,B35,B36,B37,B38,B39,B4,B40,B41,B42,B43,B5,B50,B51,B53,B56,B57,B58,B59,B64,B65,B66,B68,B69,B7,B70,B72,B79,B83,B84,B86,B87,B89,B9,B90,B91,B92,B94,B95,C1,C10,C11,C12,C14,C17,C18,C19,C2,C21,C22,C24,C29,C3,C31,C32,C33,C35,C38,C4,C40,C43,C44,C45,C46,C5,C50,C55,C57,C58,C64,C66,C69,C70,C74,C77,C78,C79,C8,C80,C82,C86,C9,D11,D2,D6
`Chr2:772198`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	152	A10,A11,A13,A14,A16,A18,A20,A21,A22,A24,A3,A4,A5,A6,A7,A8,A9,B1,B10,B100,B102,B103,B105,B107,B108,B11,B111,B114,B115,B120,B122,B124,B126,B127,B129,B130,B132,B135,B136,B137,B138,B139,B140,B16,B17,B18,B19,B2,B24,B25,B28,B29,B30,B31,B35,B36,B37,B38,B39,B40,B41,B42,B43,B46,B49,B5,B50,B51,B53,B56,B57,B58,B59,B64,B65,B66,B68,B69,B7,B70,B72,B76,B79,B81,B83,B84,B86,B87,B88,B89,B9,B90,B91,B92,B94,B95,C1,C10,C11,C12,C14,C17,C18,C19,C2,C21,C22,C24,C25,C26,C27,C29,C3,C31,C32,C33,C35,C36,C38,C4,C40,C41,C43,C44,C45,C46,C47,C50,C53,C55,C57,C58,C68,C69,C70,C73,C74,C77,C78,C79,C8,C80,C81,C82,C86,C9,D10,D11,D2,D3,D5,D8
`Chr2:772209`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A13,B35,B52,C13,C39
`Chr2:772228`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B22,B93
`Chr2:772241`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B22,B93
`Chr2:772248`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B140
`Chr2:772248`	`CT`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B140
`Chr2:772259`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	29	A25,B100,B118,B13,B23,B25,B38,B39,B43,B57,B70,B78,C10,C11,C12,C15,C20,C48,C49,C51,C52,C56,C65,C70,C72,C79,D2,D4,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797764.1

491 aa

246

491

Exo_endo_phos

Exo_endo_phos_2

PF03372 Exo_endo_phos 6-220 aa PF14529 Exo_endo_phos_2 123-223 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057797764.1`	Pfam	`PF03372`	Exo_endo_phos	Domain	6	220	7.6e-07	29.8	Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family
`XP_057797764.1`	Pfam	`PF14529`	Exo_endo_phos_2	Domain	123	223	7.1e-07	29.8	Endonuclease-reverse transcriptase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057941781.1
ATGAATATTATCGTCTGGAACGTCCGGGGGCTTACGGATGAATCTAGACGTGTCTTAAAGGAGCACTCCCACTCCTTTAATCCCATTATCATTGGTATTGTGGAACCCAAAGTGGATTTCAGTAAAGTTCCTGCTAATTTTTGGCATTCCATCAATATGGTTGCTCGGCATCAAAATTTTCGCCATCAGATGTGTTCGAATATTTGGCTCTTGGCTCATCCCTCGGTCGTCACGACTGTGATTTGGTCTTCGGATCAGAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131013653
ATGAATATTATCGTCTGGAACGTCCGGGGGCTTACGGATGAATCTAGACGTGTCTTAAAGGAGCACTCCCACTCCTTTAATCCCATTATCATTGGTATTGTGGAACCCAAAGTGGATTTCAGTAAAGTTCCTGCTAATTTTTGGCATTCCATCAATATGGTTGCTCGGCATCAAAATTTTCGCCATCAGATGTGTTCGAATATTTGGCTCTTGGCTCATCCCTCGGTCGTCACGACTGTGATTTGGTCTTCGGATCAGAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057797764.1
MNIIVWNVRGLTDESRRVLKEHSHSFNPIIIGIVEPKVDFSKVPANFWHSINMVARHQNFRHQMCSNIWLLAHPSVVTTVIWSSDQTVIADCVWNSLHFRIAIVHGSNCPTERRKLWLDLLHHTNGSTVFMGDFNAVKGAHERISTVSPNRQSCKDFCEFIDATQFIESPTLGLKFTWSGRRFLPRHVESLLDRVLVSDSFAQSWRAINTHILPRITSDHSPLVFQCSGSDIRRRNSFRFLTMWTSHANFLEVVEHSWTQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器