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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000072

染色体: Chr02 坐标: 904943-905464 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000072
名称SmilChr02G000072
描述putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12700, mitochondrial
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向904943 - 905464 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013659
GeneID131013659
locus_tag-
NCBI NameLOC131013659
原始查询LOC131013659

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12700, mitochondrial
产物putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12700%2C mitochondrial
ArabidopsisAT1G12700 (RPF1)
RNA processing FACTOR [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837825]
identity=40; qcov=0.983; evalue=8.82e-39; confidence=medium
RiceOs08g0248400
-
identity=35.3; qcov=0.983; evalue=1.4e-30; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013659

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.60000 XP_057797768.1
2 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057797768.1
3 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057797768.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057797768.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797768.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:904970 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 69 A10,A11,A14,A16,A21,A6,A7,B1,B102,B104,B105,B106,B107,B11,B113,B118,B120,B126,B129,B131,B133,B136,B137,B140,B16,B20,B27,B3,B33,B36,B37,B40,B45,B54,B55,B56,B57,B59,B6,B62,B67,B7,B70,B77,B78,B79,B87,B94,C15,C24,C25,C26,C35,C36,C40,C43,C47,C52,C53,C54,C57,C58,C59,C63,C64,C66,C71,C74,C9
Chr2:905000 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B101
Chr2:905029 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B32,B51,C3
Chr2:905039 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B93,D10
Chr2:905054 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B93,D10
Chr2:905064 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B95,C14
Chr2:905104 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B50,B66,B76,D11,D9
Chr2:905122 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 4 B101,B108,B12,C43
Chr2:905122 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B101,B108,B12,C43
Chr2:905141 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B50,B66,B76,D11,D9
Chr2:905146 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B50,B66,B76,D11,D9
Chr2:905172 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797768.1
173 aa
N
1
86
173
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
TPR_24
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
C
PF13041 PPR_2 19-69 aa PF01535 PPR 22-45 aa PF12854 PPR_1 53-80 aa PF13041 PPR_2 55-106 aa PF01535 PPR 59-87 aa PF13812 PPR_3 86-137 aa PF12854 PPR_1 89-118 aa PF13041 PPR_2 92-141 aa PF23276 TPR_24 93-169 aa PF01535 PPR 96-125 aa PF13812 PPR_3 116-171 aa PF12854 PPR_1 123-155 aa PF13041 PPR_2 128-172 aa PF01535 PPR 130-158 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797768.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 19 69 2e-49 166.2 PPR repeat family
XP_057797768.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 22 45 2.3e-27 94.0 PPR repeat
XP_057797768.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 53 80 1.4e-41 140.6 PPR repeat
XP_057797768.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 55 106 2e-49 166.2 PPR repeat family
XP_057797768.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 59 87 2.3e-27 94.0 PPR repeat
XP_057797768.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 86 137 2.1e-17 63.7 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057797768.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 89 118 1.4e-41 140.6 PPR repeat
XP_057797768.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 92 141 2e-49 166.2 PPR repeat family
XP_057797768.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 93 169 4.3e-10 40.3 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057797768.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 96 125 2.3e-27 94.0 PPR repeat
XP_057797768.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 116 171 2.1e-17 63.7 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057797768.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 123 155 1.4e-41 140.6 PPR repeat
XP_057797768.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 128 172 2e-49 166.2 PPR repeat family
XP_057797768.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 130 158 2.3e-27 94.0 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941785.1
ATGCCTAATTTTGGGTTTGCGATTTTAGGCATTTTTTTGAAGAGTGGGTACGAGCCTACTATTGTAACCTTTGACACTCTCATTAAAGGGTTATTGTTGGTTGGAAGGATCCCAGAGGCAGCTAAAGTGTTTTGGATGCTGTTGGCCTACCAACTGTGCGAGCCCGATGAACATACATATAGTACTATGATTAATAGGTTATGCAAAGCTAGAGATACTCTTGAGGCAATTGATTTGCTCTGCTTATTGGAAAAAGAAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131013659
ATGCCTAATTTTGGGTTTGCGATTTTAGGCATTTTTTTGAAGAGTGGGTACGAGCCTACTATTGTAACCTTTGACACTCTCATTAAAGGGTTATTGTTGGTTGGAAGGATCCCAGAGGCAGCTAAAGTGTTTTGGATGCTGTTGGCCTACCAACTGTGCGAGCCCGATGAACATACATATAGTACTATGATTAATAGGTTATGCAAAGCTAGAGATACTCTTGAGGCAATTGATTTGCTCTGCTTATTGGAAAAAGAAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057797768.1
MPNFGFAILGIFLKSGYEPTIVTFDTLIKGLLLVGRIPEAAKVFWMLLAYQLCEPDEHTYSTMINRLCKARDTLEAIDLLCLLEKEKVNCKPNVYAYSAVIDGLCKEGKVDDALQLFSSLGDKGISANVVTYNPIIEGLCNMRRMDEAEDILKKMIANEVCPDVWTCNIFVNL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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