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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G006045

染色体: Chr01 坐标: 75960614-75962698 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G006045
名称SmilChr01G006045
描述receptor-like protein 7
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向75960614 - 75962698 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013754
GeneID131013754
locus_tag-
NCBI NameLOC131013754
原始查询LOC131013754

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like protein 7
产物receptor-like protein 7
ArabidopsisAT4G13820 (AT4G13820)
Leucine-rich repeat (LRR) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827016]
identity=32; qcov=0.865; evalue=6.3e-64; confidence=low
RiceOs01g0163000
-
identity=33.1; qcov=1.01; evalue=5.28e-88; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00560 (LRR_1); PF08263 (LRRNT_2); PF13516 (LRR_6); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013754

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057797808.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057797808.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797808.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057797808.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057797808.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:75960651 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A5,B108,C26,C85
Chr1:75960713 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B38,B39,C7
Chr1:75960718 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B136,B41,B46,B66
Chr1:75960723 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B136,B41,B46,B66
Chr1:75960724 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr1:75960735 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 5 B12,B140,B55,C59,C6
Chr1:75960735 CT C 1bp_deletion CDS_variant 5 B12,B140,B55,C59,C6
Chr1:75960810 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B108,B39,C26
Chr1:75960846 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B12,B140,B55,C50,C59
Chr1:75960852 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2
Chr1:75960863 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B12,B55,C59
Chr1:75960885 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B12,B55,C59

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797808.1
694 aa
N
1
347
694
LRRNT_2
LRR_8
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_6
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
C
PF08263 LRRNT_2 24-64 aa PF13855 LRR_8 251-311 aa PF00560 LRR_1 252-274 aa PF13855 LRR_8 280-336 aa PF00560 LRR_1 301-322 aa PF13516 LRR_6 399-412 aa PF00560 LRR_1 399-418 aa PF00560 LRR_1 469-489 aa PF13855 LRR_8 519-575 aa PF00560 LRR_1 540-562 aa PF00560 LRR_1 565-581 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797808.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 24 64 1.2e-07 32.6 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057797808.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 251 311 4.2e-37 126.4 Leucine rich repeat
XP_057797808.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 252 274 1.6e-40 129.1 Leucine Rich Repeat
XP_057797808.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 280 336 4.2e-37 126.4 Leucine rich repeat
XP_057797808.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 301 322 1.6e-40 129.1 Leucine Rich Repeat
XP_057797808.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 399 412 3.1e-05 24.4 Leucine Rich repeat
XP_057797808.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 399 418 1.6e-40 129.1 Leucine Rich Repeat
XP_057797808.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 469 489 1.6e-40 129.1 Leucine Rich Repeat
XP_057797808.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 519 575 4.2e-37 126.4 Leucine rich repeat
XP_057797808.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 540 562 1.6e-40 129.1 Leucine Rich Repeat
XP_057797808.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 565 581 1.6e-40 129.1 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941825.1
ATGCTTCCAAAGTTGTTTTTCATTTCTATACTTTTCTCCTTCATTTTCATTACACATTCATGTCTTCACCATCAAAAAATCTTGTTGCTTCAACTCAAGGATGAGTTGAGCTTCGATTCTTCTCGTTCAACAAAATTGGTGCGATGGAATGAAAGTGATGAGTGCTGCAAGTGGCCCGGTGTGGAATGTGATGCTGCTGGCTACGTCGTTAGTTTGCAGCTCGATGATGAGTCTATTTCTGGTGGAATCGCAGATTCATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131013754
ATGCTTCCAAAGTTGTTTTTCATTTCTATACTTTTCTCCTTCATTTTCATTACACATTCATGTCTTCACCATCAAAAAATCTTGTTGCTTCAACTCAAGGATGAGTTGAGCTTCGATTCTTCTCGTTCAACAAAATTGGTGCGATGGAATGAAAGTGATGAGTGCTGCAAGTGGCCCGGTGTGGAATGTGATGCTGCTGGCTACGTCGTTAGTTTGCAGCTCGATGATGAGTCTATTTCTGGTGGAATCGCAGATTCATC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057797808.1
MLPKLFFISILFSFIFITHSCLHHQKILLLQLKDELSFDSSRSTKLVRWNESDECCKWPGVECDAAGYVVSLQLDDESISGGIADSSSLFRLVHLQKLNLAFNNFNNIPIPKGIHNLTYLTHLNLSNARFVRQVPAEIFSLRRLVSLDISYNTYRGYLSLEYPNLEMLVQNLTELRELYLDFVIVTSSHERRKWSHIISSYLPNLTTLSLVDCGLSGPLAKSFWQLHSLSILRLDHNNLGPELPDLFANFPSLTTLSLYD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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