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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G006047

染色体: Chr01 坐标: 75970840-75976116 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G006047
名称SmilChr01G006047
描述receptor-like protein 19
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向75970840 - 75976116 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013770
GeneID131013770
locus_tag-
NCBI NameLOC131013770
原始查询LOC131013770

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like protein 19
产物receptor-like protein 19
ArabidopsisAT2G33060 (RLP27)
receptor like protein 27 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817868]
identity=36.7; qcov=0.582; evalue=2.94e-111; confidence=medium
RiceOs01g0132100
-
identity=38.1; qcov=0.54; evalue=5.24e-114; confidence=medium
GOGO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG-
PfamPF00098 (zf-CCHC); PF00560 (LRR_1); PF13855 (LRR_8); PF14223 (Retrotran_gag_2); PF22936 (Pol_BBD)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013770

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057797809.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057797809.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797809.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057797809.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057797809.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:75970860 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B33,B43,C10,C67
Chr1:75970881 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A24,B38,B69,C35,C38
Chr1:75970900 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 3 A21,C42,C86
Chr1:75970900 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A21,C42,C86
Chr1:75970935 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B56,C21,C46
Chr1:75970973 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C23
Chr1:75971063 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B42,B76,C39
Chr1:75971084 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 6 A7,B127,B53,B62,B66,C34
Chr1:75971110 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B58
Chr1:75971127 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A7,B127,B53,B66,C34
Chr1:75971142 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A7,B127,B66,C34
Chr1:75971145 AAG A 2bp_deletion frameshift_variant 3 B127,B66,C34

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797809.1
1308 aa
N
1
654
1308
Retrotran_gag_2
zf-CCHC
Pol_BBD
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
C
PF14223 Retrotran_gag_2 23-184 aa PF00098 zf-CCHC 231-248 aa PF22936 Pol_BBD 309-388 aa PF13855 LRR_8 633-693 aa PF00560 LRR_1 634-656 aa PF00560 LRR_1 682-704 aa PF13855 LRR_8 706-766 aa PF00560 LRR_1 731-751 aa PF13855 LRR_8 731-791 aa PF00560 LRR_1 900-920 aa PF00560 LRR_1 923-942 aa PF00560 LRR_1 970-992 aa PF13855 LRR_8 1103-1158 aa PF00560 LRR_1 1124-1145 aa PF00560 LRR_1 1147-1169 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797809.1 Pfam PF14223 Retrotran_gag_2 Domain 23 184 3e-26 92.9 gag-polypeptide of LTR copia-type
XP_057797809.1 Pfam PF00098 zf-CCHC Domain 231 248 1.4e-08 35.2 Zinc knuckle
XP_057797809.1 Pfam PF22936 Pol_BBD Domain 309 388 7.6e-24 84.6 Pol polyprotein, beta-barrel domain
XP_057797809.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 633 693 3.1e-40 136.5 Leucine rich repeat
XP_057797809.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 634 656 3.9e-43 136.8 Leucine Rich Repeat
XP_057797809.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 682 704 3.9e-43 136.8 Leucine Rich Repeat
XP_057797809.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 706 766 3.1e-40 136.5 Leucine rich repeat
XP_057797809.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 731 751 3.9e-43 136.8 Leucine Rich Repeat
XP_057797809.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 731 791 3.1e-40 136.5 Leucine rich repeat
XP_057797809.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 900 920 3.9e-43 136.8 Leucine Rich Repeat
XP_057797809.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 923 942 3.9e-43 136.8 Leucine Rich Repeat
XP_057797809.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 970 992 3.9e-43 136.8 Leucine Rich Repeat
XP_057797809.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 1103 1158 3.1e-40 136.5 Leucine rich repeat
XP_057797809.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 1124 1145 3.9e-43 136.8 Leucine Rich Repeat
XP_057797809.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 1147 1169 3.9e-43 136.8 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941826.1
ATGGCGTCTTTCTTTGGTATGGCTCCTTTTGATGGAAAATCCGATTTTAGTATCTGGAAGCAGAAGATGAAGTGCATTTTAATTCAGCAACATGTGTTTAAGGCTGTTGATCATTCATATGCTGATAATGAGACTGAAGAAAAGAAATCTGATATGAATGAACTTGCATTGTCCTCTATCATACTCAACTTATCTGACTGTGTGCTTAGAAAAGTAGGAGTATGTGATTCTGCTAAAGATTTGTGGTGTAAATTGGAAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131013770
ATGGCGTCTTTCTTTGGTATGGCTCCTTTTGATGGAAAATCCGATTTTAGTATCTGGAAGCAGAAGATGAAGTGCATTTTAATTCAGCAACATGTGTTTAAGGCTGTTGATCATTCATATGCTGATAATGAGACTGAAGAAAAGAAATCTGATATGAATGAACTTGCATTGTCCTCTATCATACTCAACTTATCTGACTGTGTGCTTAGAAAAGTAGGAGTATGTGATTCTGCTAAAGATTTGTGGTGTAAATTGGAAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057797809.1
MASFFGMAPFDGKSDFSIWKQKMKCILIQQHVFKAVDHSYADNETEEKKSDMNELALSSIILNLSDCVLRKVGVCDSAKDLWCKLEELYTEKSLPSKLFLLERFFQFELDLSKDVDENLDVFSKLVQDIKLTGDEHIDDYAPIVLLNAIPESYSDVKSAIKYGRDNVTFDTVVNALKSKELDLKHNVGRESEMKVMHVRERNQFRPQKHASNQDNDDTKKKKKKSYKTRTKKCYNCGKPGHFAKDCPSSSSSCSSSSDGE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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