Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G006050`

染色体: Chr01 坐标: 76010308-76011444 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G006050`
名称	SmilChr01G006050
描述	putative F-box/LRR-repeat/kelch-repeat protein At1g11620
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	76010308 - 76011444 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131013849`
GeneID	`131013849`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131013849`
原始查询	`LOC131013849`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative F-box/LRR-repeat/kelch-repeat protein At1g11620
产物	putative F-box/LRR-repeat/kelch-repeat protein At1g11620
Arabidopsis	`AT1G11620` (AT1G11620) F-box and associated interaction domains-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837706] identity=30.4; qcov=0.658; evalue=3.41e-11; confidence=low
Rice	`Os09g0517800` (OsFbox499) - identity=35.7; qcov=0.269; evalue=1.19e-06; confidence=weak
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF07734 (FBA_1); PF08268 (FBA_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131013849

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057797812.1`
2	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057797812.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057797812.1`
4	Cell membrane	细胞膜	0.20000	`XP_057797812.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057797812.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:76010322`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	13	A18,B108,B137,B18,B23,B32,B42,B77,C23,C60,C83,C87,D8
`Chr1:76010326`	`TCC`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	13	A18,B108,B137,B18,B23,B32,B42,B77,C23,C60,C83,C87,D8
`Chr1:76010341`	`A`	`ACC`	2bp_insertion	frameshift_variant	13	A18,B108,B137,B18,B23,B32,B42,B77,C23,C60,C83,C87,D8
`Chr1:76010345`	`C`	`CTT`	2bp_insertion	frameshift_variant	5	B106,B21,B37,C54,C77
`Chr1:76010345`	`C`	`CTT`	2bp_insertion	CDS_variant	5	B106,B21,B37,C54,C77
`Chr1:76010348`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	13	A18,B108,B137,B18,B23,B32,B42,B77,C23,C60,C83,C87,D8
`Chr1:76010350`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B106,B21,B37,C54,C77
`Chr1:76010354`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B113,B14,B140,C36
`Chr1:76010355`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	13	A18,B108,B137,B18,B23,B32,B42,B77,C23,C60,C83,C87,D8
`Chr1:76010357`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B106,B21,B37,C54,C77
`Chr1:76010360`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	82	A10,A14,A2,A23,A24,A25,A4,A7,A8,B1,B100,B102,B104,B109,B111,B113,B118,B120,B127,B128,B136,B139,B15,B16,B19,B25,B26,B34,B37,B38,B39,B41,B45,B49,B56,B58,B61,B63,B64,B76,B86,B91,B95,B96,B97,B99,C10,C15,C16,C17,C20,C25,C26,C30,C31,C32,C34,C35,C36,C37,C38,C39,C4,C40,C41,C42,C49,C51,C52,C53,C58,C68,C7,C72,C81,C84,C85,C9,D11,D2,D3,D9
`Chr1:76010374`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	13	A18,B108,B137,B18,B23,B32,B42,B77,C23,C60,C83,C87,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797812.1

260 aa

130

260

FBA_1

FBA_3

PF07734 FBA_1 19-187 aa PF08268 FBA_3 21-188 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057797812.1`	Pfam	`PF07734`	FBA_1	Repeat	19	187	4.3e-18	66.1	F-box associated beta propeller domain
`XP_057797812.1`	Pfam	`PF08268`	FBA_3	Repeat	21	188	3.3e-09	36.9	F-box associated beta propeller domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057941829.1
ATGAAACTCCTTGATCCCCCTCAGATGCGACATTATTCAGATGCGATTATTAATTTCATGTGCAGTGGGTTTGGGTATGATCATAAATCAGATGACTACAAAGTTGTGAGAATCTTCGATTACTTGTATCATTATTGTACAGTGAAGATGAAGAACCCGTGTCGTTATTGTAGAGGAGGAGGGAAAACAGAGATGAAAGTTGAGGTGTTTTCACTCAAAACGGATTCCTGGAAGCAGATTAAAGTAGCTGCTGATTTTGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131013849
ATGAAACTCCTTGATCCCCCTCAGATGCGACATTATTCAGATGCGATTATTAATTTCATGTGCAGTGGGTTTGGGTATGATCATAAATCAGATGACTACAAAGTTGTGAGAATCTTCGATTACTTGTATCATTATTGTACAGTGAAGATGAAGAACCCGTGTCGTTATTGTAGAGGAGGAGGGAAAACAGAGATGAAAGTTGAGGTGTTTTCACTCAAAACGGATTCCTGGAAGCAGATTAAAGTAGCTGCTGATTTTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057797812.1
MKLLDPPQMRHYSDAIINFMCSGFGYDHKSDDYKVVRIFDYLYHYCTVKMKNPCRYCRGGGKTEMKVEVFSLKTDSWKQIKVAADFDLDGISSSSCNVNGSYYWIKLNHRDDTLFHYSVVSFDFTRECFSNISLPPIHKDKEHDILVKVHDDMVGVIRYERASQSFGVVTTFRLLVLKESSWIPWVCVDLCDVERPLMLHQGRFLFLKKKNSEGMEQLVVYDLETKKLEDLDIYDYLYLVLCLASAAEGIIYSEGIGGGR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器