Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G001845`

染色体: Chr03 坐标: 25348569-25351888 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G001845`
名称	SmilChr03G001845
描述	ETHYLENE INSENSITIVE 3-like 3 protein
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	25348569 - 25351888 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131013918`
GeneID	`131013918`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131013918`
原始查询	`LOC131013918`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ETHYLENE INSENSITIVE 3-like 3 protein
产物	ETHYLENE INSENSITIVE 3-like 3 protein
Arabidopsis	`AT1G73730` (EIL3) ETHYLENE-INSENSITIVE3-like 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843708] identity=70.6; qcov=0.508; evalue=4.97e-168; confidence=medium
Rice	`Os09g0490200` (OsEIL3) - identity=70; qcov=0.488; evalue=4.58e-148; confidence=medium
GO	GO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus)
KEGG	smil04016 (MAPK signaling pathway - plant - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF04873 (EIN3_DNA-bd); PF27048 (EIN3_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131013918

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057797826.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057797826.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057797826.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057797826.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057797826.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:25349499`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B100,B119
`Chr3:25349601`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B20
`Chr3:25349670`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C28
`Chr3:25349679`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A16,A22,C34,C63,C67
`Chr3:25349834`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B1,B135,B7,B8
`Chr3:25349877`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B20
`Chr3:25349982`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr3:25350105`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr3:25350279`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A5
`Chr3:25350303`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A1,B129,B132,B2,C12
`Chr3:25350337`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B122
`Chr3:25350504`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797826.1

683 aa

342

683

EIN3_N

EIN3_DNA-bd

PF27048 EIN3_N 73-144 aa PF04873 EIN3_DNA-bd 161-283 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057797826.1`	Pfam	`PF27048`	EIN3_N	Domain	73	144	7.4e-44	148.0	Ethylene insensitive 3, N-terminal domain
`XP_057797826.1`	Pfam	`PF04873`	EIN3_DNA-bd	Domain	161	283	1.1e-66	223.2	Ethylene insensitive 3, DNA-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057941843.1
CTTTATTTTCTTCTTTAACCTTTCCAACTAAAATCGCTTAATAGTTATATACGTTTCATGTCTTATCTTCGCCTTCGTAAACTCTGTCTCTAATACATCCCCCCTAGTCGGTTCTTTCAGAATTTCCATTTTTTTTTTATAATCGTCACTGTTTTGCCCATCTTATTTTCCGTTCCAAATTGTTGATTGAATATTCACTATTCAGGCAATCATTAAGATAAGAGAAATCTGTTTGATTTGGCCGTCATGGAAGATATGGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131013918
ATGGAAGATATGGGACTTGATATCAGTTCGGATATTGAAGTTGATGACTTGAGGGATGATGATAACATAGAGGAAAAAGATGTTAGTGATGAGGAGATCGCGGCAGAAGAACTGGAGAAGCGAATGTGGAAGGACCGGATCAAGCTTAAGAGGATCAAAGAGAAACAGAAGCTTGCAGCTCTACAAGCTGCAGAAAAGCAGAAGGTTAAGTCTAGCACGGATCAGGCACGAAGGAAGAAGATGGCACGAGCTCAAGATGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057797826.1
MEDMGLDISSDIEVDDLRDDDNIEEKDVSDEEIAAEELEKRMWKDRIKLKRIKEKQKLAALQAAEKQKVKSSTDQARRKKMARAQDGILKYMLKLMEVCNARGFVYGIIPDKGKPVSGASDNIRAWWKEKVKFDKNGPAAIAKYEAECLSREDGFGTNQGNSQSVLQDLQDATLGSLLSSLMQHCDPPQRKYPLEKGVPPPWWPMGNEEWCVKLGLPQGQSPPYKKPHDLKKMWKVGVLTAVIKHMSPDIAKIRRLVRQS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器