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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G001846`

染色体: Chr03 坐标: 25376689-25381109 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G001846`
名称	SmilChr03G001846
描述	lysine-specific demethylase JMJ30
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	25376689 - 25381109 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131013919`
GeneID	`131013919`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131013919`
原始查询	`LOC131013919`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	lysine-specific demethylase JMJ30
产物	lysine-specific demethylase JMJ30
Arabidopsis	`AT3G20810` (JMJD5) 2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821629] identity=64.3; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os09g0489200` (JMJ712) - identity=59; qcov=1; evalue=1.34e-159; confidence=high
GO	GO:0016706 (2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity); GO:0070544 (GO:0070544)
KEGG	-
Pfam	PF08007 (JmjC_2); PF13621 (Cupin_8); PF24472 (ARM_KDM8_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131013919

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057797827.1`
2	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057797827.1`
3	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057797827.1`
4	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057797827.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057797827.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:25377006`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A1,B129,B132,C12
`Chr3:25377130`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B20
`Chr3:25379231`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A1,B129,B132,B2,C12
`Chr3:25380642`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B15
`Chr3:25380664`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A1,B129,B132,B2,C12
`Chr3:25380819`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B64,B84,D2
`Chr3:25380871`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B1,B7,B8
`Chr3:25380892`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A14,A24,B28,B46,D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797827.1

404 aa

202

404

ARM_KDM8_N

Cupin_8

JmjC_2

PF24472 ARM_KDM8_N 8-126 aa PF13621 Cupin_8 174-395 aa PF08007 JmjC_2 287-393 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057797827.1`	Pfam	`PF24472`	ARM_KDM8_N	Repeat	8	126	3.1e-59	199.1	KDM8-like, N-terminal ARM repeats
`XP_057797827.1`	Pfam	`PF13621`	Cupin_8	Domain	174	395	5.7e-48	164.7	Cupin-like domain
`XP_057797827.1`	Pfam	`PF08007`	JmjC_2	Domain	287	393	1.9e-10	41.1	JmjC domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057941844.1
CTTCTTTCCACATAAGATATTTACCCTTCTCTGCACTTTCCCTTAAAAAGCGGCCCAAATATCTCTCACCAGTCACCACCATTCCCTCTCTCTCTCCCTCACCCTCTCTAGGATATTTACACTCCACTCGCTCCGAACCTTCTACGCAAACGCAACCAAATCACTGATTCGAAATTACCACCACCGCCCATGTCCGGCCCAGCCCTCGAGACCCCAACCCTCGACTCCCAGCTTCCCTCGCTCCTGCACCAGATAACCGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131013919
ATGTCCGGCCCAGCCCTCGAGACCCCAACCCTCGACTCCCAGCTTCCCTCGCTCCTGCACCAGATAACCGAAGAAGGTGGATACGCCTTCACCTCCATCGCCACCCGCGCCGCTGCTGGCGACGTACGGGCCGCGGAGGCCGCCAGGGAGCTGGCCTGGGAGCAGCTCCACTCGGGGCCCTGGCACTCCGTGGTCCCCATTTGGCGGGACGCCTACGCAATGGCCTGCCTCAGCGTCGCCAGATGCCATTCCCGCTCCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057797827.1
MSGPALETPTLDSQLPSLLHQITEEGGYAFTSIATRAAAGDVRAAEAARELAWEQLHSGPWHSVVPIWRDAYAMACLSVARCHSRSGELEQALRALDMALIMGGFTLRDDLNLCIRKVTDALRERDSGDRGGGRQPKAEWYTDFNLAEAARLLPVKSLSSKTVVKKCGLSLEGFLREHFIPGSPVIISGSMTHWPATDRWSDINYIKKVAGFRTVPVEIGKNYLSSDWKQELITISEFLERIESGHCSPTSTTYLAQHQL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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