当前解析结果
SmilChr01G006082| 统一新 Gene ID | SmilChr01G006082 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G006082 |
| 描述 | receptor-like protein 19 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 76278930 - 76279670 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131013928 |
|---|---|
| GeneID | 131013928 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131013928 |
| 原始查询 | LOC131013928 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | receptor-like protein 19 |
| 产物 | receptor-like protein 19 |
| Arabidopsis | AT2G33030 (RLP25)receptor like protein 25 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817865] identity=43.4; qcov=0.754; evalue=1.17e-35; confidence=medium |
| Rice | Os01g0162800- identity=46.9; qcov=0.919; evalue=1.93e-44; confidence=medium |
| GO | GO:0005515 (protein binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00560 (LRR_1); PF13516 (LRR_6) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131013928 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057797844.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057797844.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057797844.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057797844.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057797844.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:76279133 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B62 |
Chr1:76279145 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C13 |
Chr1:76279152 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B124,C13 |
Chr1:76279163 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C40,C69 |
Chr1:76279193 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B124 |
Chr1:76279208 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B124,B138,C28 |
Chr1:76279233 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C46 |
Chr1:76279243 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B124 |
Chr1:76279289 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B1,B28,C31 |
Chr1:76279304 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B1,B124,B28,B64,C31 |
Chr1:76279352 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B123,B14,B29,B85,C44 |
Chr1:76279382 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B123,B14,B29,B85,C44 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057797844.1PF00560
LRR_1 42-62 aa
PF13516
LRR_6 63-75 aa
PF00560
LRR_1 64-85 aa
PF13516
LRR_6 89-100 aa
PF00560
LRR_1 89-110 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057797844.1 |
Pfam | PF00560 |
LRR_1 | Repeat | 42 | 62 | 1.6e-16 | 57.6 | Leucine Rich Repeat |
XP_057797844.1 |
Pfam | PF13516 |
LRR_6 | Repeat | 63 | 75 | 7.2e-06 | 26.4 | Leucine Rich repeat |
XP_057797844.1 |
Pfam | PF00560 |
LRR_1 | Repeat | 64 | 85 | 1.6e-16 | 57.6 | Leucine Rich Repeat |
XP_057797844.1 |
Pfam | PF13516 |
LRR_6 | Repeat | 89 | 100 | 7.2e-06 | 26.4 | Leucine Rich repeat |
XP_057797844.1 |
Pfam | PF00560 |
LRR_1 | Repeat | 89 | 110 | 1.6e-16 | 57.6 | Leucine Rich Repeat |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。