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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001868

染色体: Chr03 坐标: 25842327-25850416 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001868
名称SmilChr03G001868
描述uncharacterized SmilChr03G001868
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向25842327 - 25850416 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013937
GeneID131013937
locus_tag-
NCBI NameLOC131013937
原始查询LOC131013937

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述nucleic acid binding/RNA binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814787]; symbol=AT2G02570; hit=AT2G02570; species=arabidopsis; confidence=high
产物nucleic acid binding/RNA binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814787]; symbol=AT2G02570; hit=AT2G02570; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT2G02570 (AT2G02570)
nucleic acid binding/RNA binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814787]
identity=68.7; qcov=0.912; evalue=6.79e-119; confidence=high
RiceOs08g0109900
-
identity=64.3; qcov=0.898; evalue=2.41e-110; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006397 (mRNA processing)
KEGGsmil03040 (Spliceosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF06003 (SMN_Tudor)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013937

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057797849.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057797849.1
3 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057797853.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797849.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057797849.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:25843767 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B71
Chr3:25843798 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B127
Chr3:25843843 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C51
Chr3:25849242 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C86
Chr3:25849257 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797849.1
300 aa
N
1
150
300
SMN_Tudor
C
PF06003 SMN_Tudor 99-142 aa
XP_057797850.1
300 aa
N
1
150
300
SMN_Tudor
C
PF06003 SMN_Tudor 99-142 aa
XP_057797851.1
300 aa
N
1
150
300
SMN_Tudor
C
PF06003 SMN_Tudor 99-142 aa
XP_057797852.1
300 aa
N
1
150
300
SMN_Tudor
C
PF06003 SMN_Tudor 99-142 aa
XP_057797853.1
290 aa
N
1
145
290
SMN_Tudor
C
PF06003 SMN_Tudor 89-132 aa
XP_057797854.1
284 aa
N
1
142
284
SMN_Tudor
C
PF06003 SMN_Tudor 83-126 aa
XP_057797855.1
284 aa
N
1
142
284
SMN_Tudor
C
PF06003 SMN_Tudor 83-126 aa
XP_057797856.1
284 aa
N
1
142
284
SMN_Tudor
C
PF06003 SMN_Tudor 83-126 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797849.1 Pfam PF06003 SMN_Tudor Domain 99 142 2.8e-05 24.8 Survival motor neuron protein (SMN), Tudor domain
XP_057797850.1 Pfam PF06003 SMN_Tudor Domain 99 142 2.8e-05 24.8 Survival motor neuron protein (SMN), Tudor domain
XP_057797851.1 Pfam PF06003 SMN_Tudor Domain 99 142 2.8e-05 24.8 Survival motor neuron protein (SMN), Tudor domain
XP_057797852.1 Pfam PF06003 SMN_Tudor Domain 99 142 2.8e-05 24.8 Survival motor neuron protein (SMN), Tudor domain
XP_057797853.1 Pfam PF06003 SMN_Tudor Domain 89 132 2.7e-05 24.9 Survival motor neuron protein (SMN), Tudor domain
XP_057797854.1 Pfam PF06003 SMN_Tudor Domain 83 126 2.6e-05 24.9 Survival motor neuron protein (SMN), Tudor domain
XP_057797855.1 Pfam PF06003 SMN_Tudor Domain 83 126 2.6e-05 24.9 Survival motor neuron protein (SMN), Tudor domain
XP_057797856.1 Pfam PF06003 SMN_Tudor Domain 83 126 2.6e-05 24.9 Survival motor neuron protein (SMN), Tudor domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

8 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941866.1
AAAAACAGAAAATAGAAATTAGGAAATAGGGTTCTGATTTCTCTCTCTTTCTCACCACCGTTCGCTCGCTCTCTCTCTCTGCCCTCTTCCGTTTCAATCTCTCTCGGTCTCTCTCTGCAGCCGCCGGTCGCCAGTGGCCACGGCCTCGCCGCCTCGGACATCTCCGTCAAGCGCTGCGATTTGCAAGAGCCAAGCAGGCAGCACAGCAGCAGTGCGCCGCCCAGCCCTCGCCGGCTCGCCCCGCCCCGTCTCCTTCGATT...
XM_057941867.1
ACAGAAAATAGAAATTAGGAAATAGGGTTCTGATTTCTCTCTCTTTCTCACCACCGTTCGCTCGCTCTCTCTCTCTGCCCTCTTCCGTTTCAATCTCTCTCGGTCTCTCTCTGCAGCCGCCGGTCGCCAGTGGCCACGGCCTCGCCGCCTCGGACATCTCCGTCAAGCGCTGCGATTTGCAAGAGCCAAGCAGGCAGCACAGCAGCAGTGCGCCGCCCAGCCCTCGCCGGCTCGCCCCGCCCCGTCTCCTTCGATTGAAA...

CDS

8 records

下载 CDS FASTA
LOC131013937
ATGGAAGGCGAAGAGGTGAATATCGAAGAATTGACTGCCAACCTCTCTACTTACGAAGATCAACTTCAGCAGGTGCGCAAACTATTGAATGATGACCCGAAGAATTCCGAGTTTTTGGACATGGAGAAGGAACTTGTGGAGGTGATTGCATTAACAGAGGAGCTTCTGGAAACTGCAAAACAAAATGATGGTAGTTCTGAACTTGTTACTGGCGCTAGTGGTGAAGCATCTCCTGATCTGCAACTTTCTGGGAGCACCTT...
LOC131013937
ATGGAAGGCGAAGAGGTGAATATCGAAGAATTGACTGCCAACCTCTCTACTTACGAAGATCAACTTCAGCAGGTGCGCAAACTATTGAATGATGACCCGAAGAATTCCGAGTTTTTGGACATGGAGAAGGAACTTGTGGAGGTGATTGCATTAACAGAGGAGCTTCTGGAAACTGCAAAACAAAATGATGGTAGTTCTGAACTTGTTACTGGCGCTAGTGGTGAAGCATCTCCTGATCTGCAACTTTCTGGGAGCACCTT...

Protein

8 records

下载 Protein FASTA
XP_057797849.1
MEGEEVNIEELTANLSTYEDQLQQVRKLLNDDPKNSEFLDMEKELVEVIALTEELLETAKQNDGSSELVTGASGEASPDLQLSGSTFDKPRTTAINGNKFPIGIKVQAVWSEDGEWYDATIEAHTPNGYYVCYDGWGNKEEVDPDNVRPIQEDTANPLLEAEKIAVATKEALKRKIAQSASKEFETWTVPAKLQIEPNDPEDVKAAKRKKIHAFKSKMRMEAKEVTQNKRQNAWQQFQTTKGKAKKVGFFSGRKRESIFK...
XP_057797850.1
MEGEEVNIEELTANLSTYEDQLQQVRKLLNDDPKNSEFLDMEKELVEVIALTEELLETAKQNDGSSELVTGASGEASPDLQLSGSTFDKPRTTAINGNKFPIGIKVQAVWSEDGEWYDATIEAHTPNGYYVCYDGWGNKEEVDPDNVRPIQEDTANPLLEAEKIAVATKEALKRKIAQSASKEFETWTVPAKLQIEPNDPEDVKAAKRKKIHAFKSKMRMEAKEVTQNKRQNAWQQFQTTKGKAKKVGFFSGRKRESIFK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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