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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G001877`

染色体: Chr03 坐标: 26051541-26060128 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G001877`
名称	SmilChr03G001877
描述	putative E3 ubiquitin-protein ligase LIN-1
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	26051541 - 26060128 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131013944`
GeneID	`131013944`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131013944`
原始查询	`LOC131013944`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative E3 ubiquitin-protein ligase LIN-1
产物	putative E3 ubiquitin-protein ligase LIN-1
Arabidopsis	`AT3G06880` (AT3G06880) Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819873] identity=22.8; qcov=0.306; evalue=1.07e-13; confidence=weak
Rice	`Os04g0584500` (OsPUB77) - identity=29.6; qcov=0.588; evalue=2.78e-79; confidence=low
GO	GO:0004842 (ubiquitin-protein transferase activity); GO:0016567 (protein ubiquitination)
KEGG	-
Pfam	PF04564 (U-box); PF23568 (ARM_LIN); PF23628 (ARM_LIN_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131013944

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.80000	`XP_057797862.1`
2	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057797862.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057797862.1`
4	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057797862.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057797862.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:26053183`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B134,B41
`Chr3:26053221`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B106
`Chr3:26053458`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr3:26053482`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B126,B59,B80
`Chr3:26053690`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A14,A24,B28,B50,D3
`Chr3:26053713`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B67,C46,C53,C8,C83
`Chr3:26053717`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B133,B42,B43,B90,B92
`Chr3:26053833`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C12
`Chr3:26054197`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D6
`Chr3:26054478`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B89
`Chr3:26054478`	`TA`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B89
`Chr3:26054521`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B110,B124,B49,B79

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797862.1

1130 aa

565

1130

ARM_LIN

U-box

ARM_LIN_C

PF23568 ARM_LIN 236-458 aa PF04564 U-box 650-722 aa PF23628 ARM_LIN_C 755-1125 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057797862.1`	Pfam	`PF23568`	ARM_LIN	Repeat	236	458	1.1e-85	287.3	E3 ubiquitin-protein ligase LIN-like, ARM repeat
`XP_057797862.1`	Pfam	`PF04564`	U-box	Domain	650	722	3.4e-08	34.2	U-box domain
`XP_057797862.1`	Pfam	`PF23628`	ARM_LIN_C	Repeat	755	1125	5.5e-128	427.7	Putative E3 ubiquitin-protein ligase LIN, ARM-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057941879.1
GTTATTATGTTTGTAATCTCCTCAGCTTCTCACATTTGTCACTTCTCCGCTTAGCATCTTCTTCATCTATCATTGTCCTTTCCCCATTACTTTGTTTTTAATTTAATATTTAATTTCCTTCCCTTTGTTTAATGTCAAGTATTAATCAATGGCTTCCATTAATTTGTTCCACCTTTATTTCGACCACTCTTGTCTTCTTGTTTTATCCCCTTCTGCTGTATTTCTTAAGGTTTCAATGTTATATCCAAATTTCAACGTTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131013944
ATGGCAATGTCATTGGAAGACCTTTTGGCTGAGGAAGGTTTCAAGAGGAGGAAAGACAAAATGAAGGCCAGAGCTTCCTTTGCTTTGGAACGGAGAAGTGGCCCTCTTTACATGGAACAGGAAAGGCATGTATCTGGTTCTCTGCTGGCTGTGAGGAGAACTGAGAGGACGAGATCTGATATACCTCGTTCCGATTTTAAAGCAGAATTCTCAACAAGTGGCAGCTTTTCAGTGAGGAAGCCAAGGGACAATCTTAGCAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057797862.1
MAMSLEDLLAEEGFKRRKDKMKARASFALERRSGPLYMEQERHVSGSLLAVRRTERTRSDIPRSDFKAEFSTSGSFSVRKPRDNLSRDRGIVMNDGRRSHGDLLDAKRFSTSTEITEVIRSDGIVEEGIDRSYKDIYSNKVYGHIKHEGNDSAPLNGIVMENKKDKNNSFKHTYPHADHRSYRDTNPRSVRRPQSSERRSSNKVVEISGNKFDESRSIRQNKLDEVQAAPALDEAAVKAIISIFSGHAKRFLDDEDFRTS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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