当前解析结果
SmilChr01G006101| 统一新 Gene ID | SmilChr01G006101 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G006101 |
| 描述 | receptor-like protein 19 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 76519410 - 76520333 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131013970 |
|---|---|
| GeneID | 131013970 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131013970 |
| 原始查询 | LOC131013970 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | receptor-like protein 19 |
| 产物 | receptor-like protein 19 |
| Arabidopsis | AT2G25440 (RLP20)receptor like protein 20 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817082] identity=41.1; qcov=0.919; evalue=3.27e-59; confidence=medium |
| Rice | Os12g0221700- identity=42.9; qcov=0.866; evalue=8.79e-60; confidence=medium |
| GO | GO:0005515 (protein binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00560 (LRR_1); PF13516 (LRR_6) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131013970 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057797895.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057797895.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057797895.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057797895.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057797895.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:76519436 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B131,B56,C41 |
Chr1:76519439 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C14,C73,C76 |
Chr1:76519454 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B73 |
Chr1:76519475 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C27,C36 |
Chr1:76519478 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B73 |
Chr1:76519483 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B138,C14,C73 |
Chr1:76519493 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr1:76519532 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr1:76519579 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C22 |
Chr1:76519607 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A7,B69,B82,C4 |
Chr1:76519615 |
TA |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 9 | B112,B133,B35,B45,B61,B89,B93,C72,C76 |
Chr1:76519635 |
T |
TAC |
2bp_insertion | frameshift_variant | 2 | A8,B62 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057797895.1PF00560
LRR_1 33-50 aa
PF00560
LRR_1 103-123 aa
PF13516
LRR_6 124-136 aa
PF00560
LRR_1 125-146 aa
PF13516
LRR_6 149-161 aa
PF00560
LRR_1 150-171 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057797895.1 |
Pfam | PF00560 |
LRR_1 | Repeat | 33 | 50 | 2.5e-19 | 65.9 | Leucine Rich Repeat |
XP_057797895.1 |
Pfam | PF00560 |
LRR_1 | Repeat | 103 | 123 | 2.5e-19 | 65.9 | Leucine Rich Repeat |
XP_057797895.1 |
Pfam | PF13516 |
LRR_6 | Repeat | 124 | 136 | 4.8e-07 | 30.0 | Leucine Rich repeat |
XP_057797895.1 |
Pfam | PF00560 |
LRR_1 | Repeat | 125 | 146 | 2.5e-19 | 65.9 | Leucine Rich Repeat |
XP_057797895.1 |
Pfam | PF13516 |
LRR_6 | Repeat | 149 | 161 | 4.8e-07 | 30.0 | Leucine Rich repeat |
XP_057797895.1 |
Pfam | PF00560 |
LRR_1 | Repeat | 150 | 171 | 2.5e-19 | 65.9 | Leucine Rich Repeat |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。