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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001967

染色体: Chr03 坐标: 28301577-28309521 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001967
名称SmilChr03G001967
描述2-alkenal reductase (NADP(+)-dependent)-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向28301577 - 28309521 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014010
GeneID131014010
locus_tag-
NCBI NameLOC131014010
原始查询LOC131014010

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述2-alkenal reductase (NADP(+)-dependent)-like
产物2-alkenal reductase (NADP(+)-dependent)-like
ArabidopsisAT5G16970 (AER)
alkenal reductase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831560]
identity=46.7; qcov=1.01; evalue=3.81e-111; confidence=high
RiceOs06g0602900
-
identity=57.6; qcov=0.997; evalue=1.76e-138; confidence=high
GOGO:0016628 (oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors, NAD or NADP as acceptor)
KEGG-
PfamPF00107 (ADH_zinc_N); PF16884 (ADH_N_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014010

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057797930.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057797930.1
3 Peroxisome 过氧化物酶体 0.20000 XP_057797930.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057797930.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797930.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:28301848 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B95,B98,C50
Chr3:28301931 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B95,B98,C50
Chr3:28302667 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B64,C24,C42,C6
Chr3:28302698 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B91,C28
Chr3:28306269 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr3:28309136 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B80,B95,B98,C50
Chr3:28309151 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B19
Chr3:28309184 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B80,B95,B98,C50
Chr3:28309256 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B19
Chr3:28309324 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A10,B48,D5
Chr3:28309346 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,C36
Chr3:28309373 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A8,B72

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797930.1
350 aa
N
1
175
350
ADH_N_2
ADH_zinc_N
C
PF16884 ADH_N_2 9-120 aa PF00107 ADH_zinc_N 173-293 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797930.1 Pfam PF16884 ADH_N_2 Family 9 120 3.2e-17 63.1 N-terminal domain of oxidoreductase
XP_057797930.1 Pfam PF00107 ADH_zinc_N Domain 173 293 5.4e-25 88.5 Zinc-binding dehydrogenase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941947.1
CTATAAGGTAGCTCCGCCCCTGGTGTAGATAGACTCTTGCGTGCGTTATATATATGTAGAGAGACGTTTGAGTTGATTACTTATCATCAAAGAAGTGCGAGTAATGGAGGAGGTAAACAACAAGTTCGTAACAGTAAAGGGTCACATAAATGGGGCTCCATCTGAATCCGATTTCGAGATTAAGAGTGAAATGATTTCTCTATCGATAGATGGAGGAAGTGAAGTAGAGGTGATCGTCAAGAATGTGTATGTATCGGTGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131014010
ATGGAGGAGGTAAACAACAAGTTCGTAACAGTAAAGGGTCACATAAATGGGGCTCCATCTGAATCCGATTTCGAGATTAAGAGTGAAATGATTTCTCTATCGATAGATGGAGGAAGTGAAGTAGAGGTGATCGTCAAGAATGTGTATGTATCGGTGGATCCATACCAGCTGAACCGCATGAAGAAGCAGAGCTCCTCGCAGGCTGCAATCAGCTTCGCCACCGGAATCACTCCTGGGCTGGCCATCGATACGTATGGCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057797930.1
MEEVNNKFVTVKGHINGAPSESDFEIKSEMISLSIDGGSEVEVIVKNVYVSVDPYQLNRMKKQSSSQAAISFATGITPGLAIDTYGVGQVVVSERPGLEKGELVVGMLTWGEYTLAEKGRLLNKLDPMAIGLDLPHLVGALGFSGLTAYGGFYEVCKPKRGESVFVSAASGSVGSLVGQYAKLFGCRVVGCAGTQKKVELLKEKLGFDDAFNYKEEIDLNSALKRYFPEGIDIYFDNVGGEMLEAAVANMSQFGRVAVCG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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