当前解析结果
SmilChr03G002098| 统一新 Gene ID | SmilChr03G002098 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G002098 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr03G002098 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 32446332 - 32448539 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131014077 |
|---|---|
| GeneID | 131014077 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131014077 |
| 原始查询 | LOC131014077 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os08g0106900; species=rice; confidence=medium |
| 产物 | hit=Os08g0106900; species=rice; confidence=medium |
| Arabidopsis | AT5G41980 (AT5G41980)nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834203] identity=32; qcov=1.02; evalue=1.26e-59; confidence=low |
| Rice | Os08g0106900- identity=41.3; qcov=0.983; evalue=1.84e-81; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01609 (DDE_Tnp_1); PF04827 (Plant_tran); PF13359 (DDE_Tnp_4); PF26138 (DUF8040) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131014077 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057797982.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.40000 | XP_057797982.1 |
| 3 | Telomere | 端粒 | 0.40000 | XP_057797982.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057797982.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057797982.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:32447329 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A21,B113,C69,D10 |
Chr3:32447357 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B72,B99 |
Chr3:32447378 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B106 |
Chr3:32447380 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B15,C15 |
Chr3:32447420 |
AG |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B108 |
Chr3:32447420 |
AG |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B108 |
Chr3:32447430 |
AC |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 21 | A9,B100,B113,B12,B134,B14,B19,B30,B35,B55,B56,B60,B70,B96,B97,B98,C61,C64,C66,C72,D8 |
Chr3:32447439 |
AG |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B127 |
Chr3:32447439 |
AG |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B127 |
Chr3:32447448 |
ACC |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 16 | A6,B109,B111,B2,B23,B36,B42,B43,B64,B68,B69,B7,B77,C51,C80,C84 |
Chr3:32447453 |
G |
GTA |
2bp_insertion | stop_gained,frameshift_variant | 17 | A6,B109,B111,B2,B23,B36,B42,B43,B64,B68,B69,B7,B77,C51,C54,C80,C84 |
Chr3:32447502 |
A |
AT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 2 | B86,B9 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057797982.1PF26138
DUF8040 18-98 aa
PF04827
Plant_tran 119-293 aa
PF01609
DDE_Tnp_1 123-290 aa
PF13359
DDE_Tnp_4 130-291 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057797982.1 |
Pfam | PF26138 |
DUF8040 | Domain | 18 | 98 | 8.8e-22 | 77.5 | Domain of unknown function (DUF8040) |
XP_057797982.1 |
Pfam | PF04827 |
Plant_tran | Family | 119 | 293 | 1.9e-06 | 28.4 | Plant transposon protein |
XP_057797982.1 |
Pfam | PF01609 |
DDE_Tnp_1 | Domain | 123 | 290 | 1.6e-12 | 48.3 | Transposase DDE domain |
XP_057797982.1 |
Pfam | PF13359 |
DDE_Tnp_4 | Domain | 130 | 291 | 1.6e-23 | 83.8 | DDE superfamily endonuclease |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。