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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003248

染色体: Chr03 坐标: 50373470-50374730 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003248
名称SmilChr03G003248
描述histone H1-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向50373470 - 50374730 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014151
GeneID131014151
locus_tag-
NCBI NameLOC131014151
原始查询LOC131014151

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述histone H1-like
产物histone H1-like
ArabidopsisAT2G30620 (AT2G30620)
winged-helix DNA-binding transcription factor family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817612]
identity=66; qcov=0.35; evalue=6.83e-39; confidence=low
RiceOs04g0253000 (H1)
-
identity=52.2; qcov=0.306; evalue=1.19e-25; confidence=low
GOGO:0000786 (nucleosome); GO:0003690 (double-stranded DNA binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0006334 (nucleosome assembly); GO:0030261 (chromosome condensation); GO:0030527 (structural constituent of chromatin); GO:0031492 (nucleosomal DNA binding); GO:0045910 (negative regulation of DNA recombination)
KEGG-
PfamPF00538 (Linker_histone)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014151

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057798013.1
2 Chromosome 染色体 1.00000 XP_057798013.1
3 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057798013.1
4 Chromatin 染色质 0.60000 XP_057798013.1
5 Nucleolus rim Nucleolus rim 0.60000 XP_057798013.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:50373622 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C28
Chr3:50373934 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B10,B15,B66,C22
Chr3:50374003 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B2,B83,C59
Chr3:50374120 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B82
Chr3:50374161 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B88,C45
Chr3:50374268 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr3:50374464 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B136

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798013.1
294 aa
N
1
147
294
Linker_histone
C
PF00538 Linker_histone 60-122 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057798013.1 Pfam PF00538 Linker_histone Domain 60 122 8.2e-17 61.9 linker histone H1 and H5 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942030.1
TTTCGCCTTCATACTCACACCAAACTATCATTCGATATTGGGAATTCATAGCTTTACAGCATAGATCTTCAGCTCAATCCCCTCAAACCCTACCTCTAATACCTAGCTTTCCGAAGAGAATTTCCCATGGCAGCCACCGAAGAGCCAGTTATCCCCATCGAGACTGAGGCGGAGCAGGAGCAGCCCACCGTCGAAGAGGCTGTCAAGGAGGACAATCCGCCGCCGAAAGCCACCAAGGCTAGGAAGGCCGCCGCCCCCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131014151
ATGGCAGCCACCGAAGAGCCAGTTATCCCCATCGAGACTGAGGCGGAGCAGGAGCAGCCCACCGTCGAAGAGGCTGTCAAGGAGGACAATCCGCCGCCGAAAGCCACCAAGGCTAGGAAGGCCGCCGCCCCCAAGGAGAAGAAGGTGCCGGCGCCGAGGAAGCGCAGCGCGCCCACTCACCCTCCTTACTTTGAGATGGTTCAGGATGCGATCGTGACGTTGAAGGAGAAGACTGGATCGAGCCAGTACGCGATTCAGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057798013.1
MAATEEPVIPIETEAEQEQPTVEEAVKEDNPPPKATKARKAAAPKEKKVPAPRKRSAPTHPPYFEMVQDAIVTLKEKTGSSQYAIQKFIEEKQKTLPSNFRKILLVQLRKFVANDKLVKVKSSYKLPSARSSKPAPAAPPAKKKAAAPAKPKAAPKAAASKGKKTVTAKAKPKAKAAPGKTRAASATKAKPAAKAKPAAKAKPAAKPKAVAPAKAKAAPKRKAPEKPKAEKKPPAKAARTSTRSTPRKAAAAPAKKAPAA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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