Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G003254`

染色体: Chr03 坐标: 50419894-50426027 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G003254`
名称	SmilChr03G003254
描述	flowering locus K homology domain-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	50419894 - 50426027 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131014156`
GeneID	`131014156`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131014156`
原始查询	`LOC131014156`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	flowering locus K homology domain-like
产物	flowering locus K homology domain-like
Arabidopsis	`AT3G04610` (FLK) RNA-binding KH domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819619] identity=52.3; qcov=0.993; evalue=1.42e-145; confidence=high
Rice	`Os03g0627500` - identity=55.6; qcov=0.923; evalue=5.5e-131; confidence=high
GO	GO:0003729 (mRNA binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0010468 (regulation of gene expression)
KEGG	-
Pfam	PF00013 (KH_1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131014156

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057798024.1`
2	Nucleoplasm	核质	0.40000	`XP_057798024.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057798024.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057798024.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057798024.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:50420622`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B106
`Chr3:50420623`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B134
`Chr3:50422827`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B1,B42,B43,B7
`Chr3:50424648`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B108,B25,B99,C23,D8
`Chr3:50424753`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr3:50425526`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C38
`Chr3:50425689`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B19,B47,C38,C9,D9
`Chr3:50425707`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B106
`Chr3:50425737`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B1
`Chr3:50425775`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B101,B128,C32,C37,C68
`Chr3:50425833`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B106

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798024.1

454 aa

227

454

KH_1

PF00013 KH_1 60-112 aa PF00013 KH_1 150-215 aa PF00013 KH_1 332-392 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057798024.1`	Pfam	`PF00013`	KH_1	Domain	60	112	9.4e-42	141.3	KH domain
`XP_057798024.1`	Pfam	`PF00013`	KH_1	Domain	150	215	9.4e-42	141.3	KH domain
`XP_057798024.1`	Pfam	`PF00013`	KH_1	Domain	332	392	9.4e-42	141.3	KH domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057942041.1
AATAACTTATCATGTCACGACGCCGTTCCAGTTAATAACTTAATACGATAAATATCCTTTATTTTCCCAATTCAATCTCTGTCTCCCGCTTCGCTCCCTTCGCTCACTCTCTCTCTTCCTTTCGCCATCATCTGCAGCAGACTGCCAACTCCAAATTCACAAATGGTCGAGGAAAACATTGAGCAACAGGATTTAGACAATGCACAAGAGACGGAGGATGTGCAAGAGACTAGTAATGTGCCTGAGGGCTTGTTTCCACC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131014156
ATGGTCGAGGAAAACATTGAGCAACAGGATTTAGACAATGCACAAGAGACGGAGGATGTGCAAGAGACTAGTAATGTGCCTGAGGGCTTGTTTCCACCAGAAGATGTACAGGACGATGTAAAAGATTATACTATTCTTGAGGAAAAGAAATGGCCCGGTTGGCCTGGAGAGAATGTGTTTAGGATGCTAGTTCCCGCGCAAAAAGTTGGTGGTATAATTGGACGCAAAGGAGAATATATTAAGAAAATATGTGAGGAAAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057798024.1
MVEENIEQQDLDNAQETEDVQETSNVPEGLFPPEDVQDDVKDYTILEEKKWPGWPGENVFRMLVPAQKVGGIIGRKGEYIKKICEETKARIKILDGPPGTTERTVMVSAKEEPDLLIPPALNGLLKIHRHILDAGSDAANAPAGGTFCTRLLVAAMQAGSLIGKQGATIKSIQDDSHCTIRVIGGENLPAVALPDDSVVEIQGEPAGLDKAVEIIGTHLRKFLVDRSVIGVFEMQTQMPSARANQNVHASQSWGPPQSDF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器