当前解析结果
SmilChr03G003257| 统一新 Gene ID | SmilChr03G003257 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G003257 |
| 描述 | probable myosin-binding protein 4 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 50466126 - 50470681 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131014160 |
|---|---|
| GeneID | 131014160 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131014160 |
| 原始查询 | LOC131014160 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable myosin-binding protein 4 |
| 产物 | probable myosin-binding protein 4 |
| Arabidopsis | AT2G30690 (AT2G30690)lateral signaling target-like protein (Protein of unknown function, DUF593) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817619] identity=38.6; qcov=0.369; evalue=5.08e-41; confidence=low |
| Rice | Os03g0708700- identity=60.8; qcov=0.143; evalue=9.72e-28; confidence=weak |
| GO | GO:0017022 (myosin binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04576 (Zein-binding) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131014160 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057798027.1 |
| 2 | Nucleus membrane | 核膜 | 0.20000 | XP_057798027.1 |
| 3 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057798027.1 |
| 4 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.20000 | XP_057798027.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057798027.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:50467038 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D7 |
Chr3:50467723 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D1 |
Chr3:50467724 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B3,B76,B8,C77,C87 |
Chr3:50467984 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B102 |
Chr3:50468016 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B139 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057798027.1PF04576
Zein-binding 517-607 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057798027.1 |
Pfam | PF04576 |
Zein-binding | Coiled-coil | 517 | 607 | 4.1e-30 | 104.6 | Zein-binding |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
3 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。