Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G003302`

染色体: Chr03 坐标: 51169655-51173452 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G003302`
名称	SmilChr03G003302
描述	1-aminocyclopropane-1-carboxylate oxidase homolog 6-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	51169655 - 51173452 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131014197`
GeneID	`131014197`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131014197`
原始查询	`LOC131014197`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	1-aminocyclopropane-1-carboxylate oxidase homolog 6-like
产物	1-aminocyclopropane-1-carboxylate oxidase homolog 6-like
Arabidopsis	`AT1G04350` (AT1G04350) 2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839542] identity=42.3; qcov=0.978; evalue=1.02e-101; confidence=medium
Rice	`Os03g0690500` - identity=40.6; qcov=0.992; evalue=3.11e-83; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF03171 (2OG-FeII_Oxy); PF14226 (DIOX_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131014197

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057798074.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057798074.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057798074.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057798074.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057798074.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:51169925`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B47
`Chr3:51170196`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B125,B88,C73
`Chr3:51170297`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A22,B99,C48,D11
`Chr3:51170315`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B13
`Chr3:51170350`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B12,B122,C42
`Chr3:51170565`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B136
`Chr3:51170779`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B136

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798074.1

365 aa

182

365

DIOX_N

2OG-FeII_Oxy

PF14226 DIOX_N 58-152 aa PF03171 2OG-FeII_Oxy 210-304 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057798074.1`	Pfam	`PF14226`	DIOX_N	Family	58	152	4.2e-17	63.6	non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal
`XP_057798074.1`	Pfam	`PF03171`	2OG-FeII_Oxy	Domain	210	304	4.2e-32	111.2	2OG-Fe(II) oxygenase superfamily

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057942091.1
AGCATGATCTTTATTACTATATATTTTTTCAACCTCAATCCGTGGCTTACAAGCTTAAGAAACGAATTTCGTTATATAAAACAAATTATATCAAGTAGCTAAGTCAACTAACTAGCAAGCTGTCTATGATCAAGAACAGCAGAATTTGAGACAACCATGTTCCCCACATGTTTGCTTAACCTATAAATTTCACAAATATTTATAATCACTTGTGCCTATTTCTTTACACCAACAACTTGTGCCACACAACCAAAATAGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131014197
ATGGGAAAAAACGATGACAATGATTATGATTGGGATAAAGAAGTGGCGGAGTTCGAGAAATCCAAAGGCGGCGTGAAGGGCCTCGTTGACTCCGGGATCACCAAGGTCCCGCGGTTCTTCATCAGCCCGCCTGAGCCCGACGCGGAAGCCGCGCCCCGTCCGGACGCCCCGATCCCCACCATAGACTTGGAGGGCGTCCGGGCGGAAACTATCGGTGAGATTCGAAGCGCATCACGGACGTGGGGATTCTTTCAAGTGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057798074.1
MGKNDDNDYDWDKEVAEFEKSKGGVKGLVDSGITKVPRFFISPPEPDAEAAPRPDAPIPTIDLEGVRAETIGEIRSASRTWGFFQVVNHGIPAAVMDAVLRGTRGLHEQPKEAKQGLYTSDGSADVRFYTINARLEEGNAASWRDAFACKFTDGAIDPELVPPVCRDEIMEYMKHMVKVRDVLSELLSEALGARKELLAEMQCMESEYLTCLYYPASPEPDKSLGTVEHSDPTVLTVLLQDDTGGLQIKHDGRWIDVPPV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器