当前解析结果
SmilChr03G003317| 统一新 Gene ID | SmilChr03G003317 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G003317 |
| 描述 | protein TRIGALACTOSYLDIACYLGLYCEROL 1, chloroplastic |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 51410014 - 51413602 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131014210 |
|---|---|
| GeneID | 131014210 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131014210 |
| 原始查询 | LOC131014210 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein TRIGALACTOSYLDIACYLGLYCEROL 1, chloroplastic |
| 产物 | protein TRIGALACTOSYLDIACYLGLYCEROL 1%2C chloroplastic |
| Arabidopsis | AT1G19800 (ABCI14)trigalactosyldiacylglycerol 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838568] identity=74.9; qcov=0.896; evalue=2.04e-174; confidence=high |
| Rice | Os04g0553000 (OsABCI10)- identity=76.1; qcov=0.728; evalue=1.18e-141; confidence=high |
| GO | GO:0005548 (GO:0005548); GO:0015914 (phospholipid transport); GO:0043190 (ATP-binding cassette (ABC) transporter complex) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02405 (MlaE) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131014210 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057798084.1 |
| 2 | Chloroplast membrane | 叶绿体膜 | 1.00000 | XP_057798084.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057798084.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057798084.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057798084.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:51410415 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B120,B22,B23 |
Chr3:51410440 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B38,B39,B5,C65,C79 |
Chr3:51410527 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B102 |
Chr3:51410737 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B48,B9 |
Chr3:51410982 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B102,D11 |
Chr3:51411127 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B68 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057798084.1PF02405
MlaE 133-341 aa
XP_057798085.1PF02405
MlaE 133-341 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057798084.1 |
Pfam | PF02405 |
MlaE | Family | 133 | 341 | 1.2e-68 | 231.6 | Permease MlaE |
XP_057798085.1 |
Pfam | PF02405 |
MlaE | Family | 133 | 341 | 1.2e-68 | 231.6 | Permease MlaE |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。