Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G003334`

染色体: Chr03 坐标: 51609765-51612494 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G003334`
名称	SmilChr03G003334
描述	rho-N domain-containing protein 1, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	51609765 - 51612494 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131014228`
GeneID	`131014228`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131014228`
原始查询	`LOC131014228`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	rho-N domain-containing protein 1, chloroplastic
产物	rho-N domain-containing protein 1%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT1G06190` (RHON1) Rho termination factor [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837128] identity=36.9; qcov=1.12; evalue=1.66e-53; confidence=medium
Rice	`Os03g0183100` (BP-73) - identity=38.5; qcov=0.931; evalue=9.68e-51; confidence=medium
GO	GO:0006353 (DNA-templated transcription termination)
KEGG	-
Pfam	PF07498 (Rho_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131014228

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057798101.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.40000	`XP_057798101.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057798101.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057798101.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057798101.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:51611203`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B1
`Chr3:51611256`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B68
`Chr3:51611264`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B77
`Chr3:51611334`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C72
`Chr3:51611343`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A11,C33,C61
`Chr3:51611367`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr3:51611368`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C44,C83
`Chr3:51611384`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	182	A1,A10,A11,A13,A15,A16,A18,A19,A2,A20,A24,A25,A3,A4,A6,A7,A8,A9,B1,B100,B101,B102,B103,B104,B106,B107,B108,B109,B11,B110,B111,B112,B113,B114,B115,B117,B118,B119,B12,B120,B121,B123,B124,B126,B127,B128,B132,B133,B134,B135,B136,B138,B139,B14,B140,B15,B16,B17,B18,B20,B21,B23,B24,B26,B27,B28,B29,B3,B30,B32,B33,B34,B35,B37,B38,B39,B4,B40,B41,B42,B43,B44,B46,B47,B48,B50,B53,B54,B55,B56,B57,B58,B59,B61,B63,B64,B65,B66,B67,B68,B69,B7,B70,B71,B72,B74,B76,B77,B78,B80,B82,B84,B85,B87,B89,B91,B94,B96,B97,B98,B99,C1,C10,C12,C13,C14,C15,C16,C18,C19,C20,C21,C25,C26,C27,C28,C3,C30,C31,C32,C34,C35,C39,C4,C40,C41,C43,C45,C48,C49,C5,C50,C52,C53,C55,C56,C59,C61,C62,C64,C66,C68,C7,C70,C71,C72,C75,C76,C77,C78,C8,C81,C83,C84,C86,D10,D11,D3,D5,D6,D8,D9
`Chr3:51611404`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr3:51611453`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B138,B55
`Chr3:51611605`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr3:51611617`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B37

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798101.1

377 aa

188

377

Rho_N

PF07498 Rho_N 340-370 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057798101.1`	Pfam	`PF07498`	Rho_N	Domain	340	370	7.6e-07	29.7	Rho termination factor, N-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057942118.1
ATGAAATATCCATCCACCTTGAGCTTATTGCCGGCGTAGAATAGTTTATAGTACTAATATATAAAACCCACTCACTGCTCCCAGCGTCACCGTCTAATATGTTCAAAACCCCAATTCAATTTCAACAACTTTCGTCGCAGCTTTTCCAACAATGTCGCGCTCTATTCATTTCATCTCCAAAACCATTCCTGGATATGGGCCATCTGATGGCGGTCGTCCTCCCTGCTCTGGAATTTCTGGAAAAGCACTCTGCTTATCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131014228
ATGTCGCGCTCTATTCATTTCATCTCCAAAACCATTCCTGGATATGGGCCATCTGATGGCGGTCGTCCTCCCTGCTCTGGAATTTCTGGAAAAGCACTCTGCTTATCACCTAGATCTTGTCGTGAACACAAGGTCGTTTCTGATGTCAAGTTATCTTTGAGATGTGTTTCTAGGTACACATCTTCTGTGTGTAATGCAAGTTCTAGCAACTATAGGAGAAACCCGGATTTCCCTAATAACCAAAAAAGGCATGGATACTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057798101.1
MSRSIHFISKTIPGYGPSDGGRPPCSGISGKALCLSPRSCREHKVVSDVKLSLRCVSRYTSSVCNASSSNYRRNPDFPNNQKRHGYSRNRNRQNETREEYEDPEESETLSSKNGPLLSVSNHKYQATATTGPREKEIVELFRKVQAQLRERAAMKEGKKIDESQAKSKESETVDSLLKLLRKHSVQQGKKGNTTANGRDFILDQDEQTAPLTEERSTSIADSHSTSSVKHETQESPIPRLSRPKSNFRKRSPVPEIKFQP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器