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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G003338`

染色体: Chr03 坐标: 51670865-51672168 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G003338`
名称	SmilChr03G003338
描述	protein LIGHT-DEPENDENT SHORT HYPOCOTYLS 3-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	51670865 - 51672168 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131014232`
GeneID	`131014232`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131014232`
原始查询	`LOC131014232`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein LIGHT-DEPENDENT SHORT HYPOCOTYLS 3-like
产物	protein LIGHT-DEPENDENT SHORT HYPOCOTYLS 3-like
Arabidopsis	`AT2G31160` (LSH3) LIGHT-DEPENDENT SHORT HYPOCOTYLS-like protein (DUF640) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817672] identity=81.1; qcov=0.886; evalue=3.23e-85; confidence=high
Rice	`Os02g0811000` (G1L6) - identity=86.2; qcov=0.784; evalue=4.3e-82; confidence=high
GO	GO:0005634 (nucleus); GO:0009299 (mRNA transcription); GO:0009416 (response to light stimulus)
KEGG	-
Pfam	PF04852 (ALOG_dom)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131014232

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057798107.1`
2	Nucleoplasm	核质	0.60000	`XP_057798107.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057798107.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057798107.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057798107.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:51671456`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B35
`Chr3:51671598`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B125,C73
`Chr3:51671790`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B32,B68,C41,C81
`Chr3:51671793`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B32,B68,C41,C81
`Chr3:51671867`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	56	A13,A14,A18,A20,A24,A7,B105,B106,B111,B117,B119,B124,B132,B21,B27,B37,B39,B56,B57,B62,B66,B67,B75,B77,B82,B85,B86,B91,B93,C1,C10,C16,C17,C2,C20,C27,C3,C32,C34,C37,C40,C45,C50,C53,C56,C59,C6,C60,C64,C65,C69,C7,C75,C83,C9,D5
`Chr3:51671870`	`T`	`TC`	1bp_insertion	frameshift_variant	48	A13,A14,A18,A20,A24,A7,B105,B106,B111,B117,B119,B124,B132,B21,B27,B37,B39,B56,B57,B62,B66,B67,B77,B82,B85,B91,B93,C1,C16,C17,C2,C20,C27,C3,C32,C34,C37,C40,C45,C53,C59,C6,C60,C64,C65,C69,C83,D5
`Chr3:51671916`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	2	B77,C69
`Chr3:51671916`	`G`	`GA`	1bp_insertion	CDS_variant	2	B77,C69
`Chr3:51671921`	`CG`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B77,C69
`Chr3:51671921`	`CG`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B77,C69
`Chr3:51671924`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	C18,C2,C30,D11
`Chr3:51671940`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C46

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798107.1

185 aa

185

ALOG_dom

PF04852 ALOG_dom 27-148 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057798107.1`	Pfam	`PF04852`	ALOG_dom	Domain	27	148	6.7e-67	224.1	ALOG domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057942124.1
ATTTAAATAATAACAGTAATATCATGTTCATTACTTTACTATATTAACTTTCAACCTTTTCCCTGTCTCCATCTCAACCTAGTGTCTGCCTCTTTCCATTTTCACAAAAGCCCTAACTCTCTCTCTCTCTACCACAAGGTCTAACAGTCCATTAAGAAATTAAAAAGTCAGTTGTTTCCCCTATTTTGGGAGTAACAAATCCACAAAAATCCATCAACTCTTCCCAGTATTTGATCATTAAACCGAGTTTAAAAAAAAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131014232
ATGGATTCGCCGTCGTTTCCGGAGGTGGAGAGCTCGAATTCGGAGAACAGCAGCGTCAACACCGGCGGCGCGACGTCGTCGTCGTCGGGTTCGACCCTGAGCCGCTACGAGAACCAGAAGCGGCGCGACTGGAACACGTTCGGGCAGTACCTGAAGAACCACCGGCCGCCGCTGTCGCTGAGCCGCTGCAGCGGCGCGCACGTGCTGGAATTCCTCCGTTACCTCGACCAGTTCGGGAAGACCAAGGTCCACACCCCAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057798107.1
MDSPSFPEVESSNSENSSVNTGGATSSSSGSTLSRYENQKRRDWNTFGQYLKNHRPPLSLSRCSGAHVLEFLRYLDQFGKTKVHTPICPFYGHPNPPAPCPCPLRQAWGSLDALIGRLRAAYEENGGKPETNPFGARAVRLYLRDVRDLQSKARGISYEKKKRKRPPHQPSSSAAAAPSPPPAEG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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