Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000417

染色体: Chr01 坐标: 8432765-8433829 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000417
名称SmilChr01G000417
描述uncharacterized SmilChr01G000417
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向8432765 - 8433829 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014278
GeneID131014278
locus_tag-
NCBI NameLOC131014278
原始查询LOC131014278

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014278

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057798215.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057798215.1
3 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.20000 XP_057798215.1
4 Cytoplasmic ribonucleoprotein granule Cytoplasmic ribonucleoprotein granule 0.20000 XP_057798215.1
5 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057798215.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:8432782 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B34,B73,C59
Chr1:8432801 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A19,B59,B9,D3
Chr1:8432814 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C59
Chr1:8432832 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B59
Chr1:8432837 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B16,B18,B66
Chr1:8432840 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B111,B57,C82
Chr1:8432845 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 7 A21,B131,B26,C16,C30,C4,C56
Chr1:8432854 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:8432866 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A5
Chr1:8432875 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A3,B136,C82,D5
Chr1:8432890 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C10
Chr1:8432891 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B118,C5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942232.1
ATGGGGACGGGAGAAATCCTCTATGAATACTGGGGAAGGTTCAAACAGATGTTGGCCAAATGCCCACAACACCAAATACCGGATCATGATCTTATTCGGTATTTCGTGGGAGGACTCCGAAGACAAGATAGACAATGGTTACACGTTGCGTGTGGAGGATCGATCTTAAACAAATCTACAGTGGAAGCTTTCAAGCTCATAGCCGACATGGCAGAGGAATCGAGAGATGAGAAAGGGACTATAGTCAGAACTACTCCGGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131014278
ATGGGGACGGGAGAAATCCTCTATGAATACTGGGGAAGGTTCAAACAGATGTTGGCCAAATGCCCACAACACCAAATACCGGATCATGATCTTATTCGGTATTTCGTGGGAGGACTCCGAAGACAAGATAGACAATGGTTACACGTTGCGTGTGGAGGATCGATCTTAAACAAATCTACAGTGGAAGCTTTCAAGCTCATAGCCGACATGGCAGAGGAATCGAGAGATGAGAAAGGGACTATAGTCAGAACTACTCCGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057798215.1
MGTGEILYEYWGRFKQMLAKCPQHQIPDHDLIRYFVGGLRRQDRQWLHVACGGSILNKSTVEAFKLIADMAEESRDEKGTIVRTTPVLAPSAQDKKLDKLCNMFKKFMTNQGTPNQGIPNIRKPVKPGGNNGGQNQKPFEPYRQQYNNQGWRQHENLRYGNNNFLGQNQGQTSIPPQYSQQPQQGRGSSLSEFVHQMAQQQMKFQQETEKFIMETRGGMQNVNSQLSHLAQAVARLERKQGTLSSQVEVKKVNAMTLRGG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器