当前解析结果
SmilChr03G003402| 统一新 Gene ID | SmilChr03G003402 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G003402 |
| 描述 | putative lipid-binding protein AIR1 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 52388695 - 52390012 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131014292 |
|---|---|
| GeneID | 131014292 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131014292 |
| 原始查询 | LOC131014292 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | putative lipid-binding protein AIR1 |
| 产物 | putative lipid-binding protein AIR1 |
| Arabidopsis | AT4G12550 (AIR1)Auxin-Induced in Root cultures 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826868] identity=30; qcov=0.676; evalue=3.74e-06; confidence=low |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131014292 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.80000 | XP_057798208.1 |
| 2 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.20000 | XP_057798208.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057798208.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057798208.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057798208.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:52389007 |
A |
AT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 35 | A14,A18,A25,B105,B122,B127,B128,B130,B134,B138,B140,B18,B19,B49,B67,B70,B75,B80,B81,B87,B93,C11,C16,C19,C20,C3,C42,C45,C46,C47,C69,C73,C78,C83,D3 |
Chr3:52389061 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B49 |
Chr3:52389093 |
T |
TA |
1bp_insertion | stop_gained,frameshift_variant | 7 | A2,A24,B19,C42,C60,C63,C67 |
Chr3:52389363 |
G |
GA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 8 | B136,B17,B42,B43,B69,C48,C72,C83 |
Chr3:52389442 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C16 |
Chr3:52389452 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B102 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。