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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003435

染色体: Chr03 坐标: 52704753-52705971 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003435
名称SmilChr03G003435
描述uncharacterized SmilChr03G003435
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向52704753 - 52705971 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014324
GeneID131014324
locus_tag-
NCBI NameLOC131014324
原始查询LOC131014324

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014324

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057798240.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057798240.1
3 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057798240.1
4 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057798240.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057798240.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:52704866 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B129,B88,C66
Chr3:52704875 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A3,B122,B123,C25
Chr3:52704877 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B123,C25
Chr3:52704880 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B110
Chr3:52704883 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr3:52704890 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C77
Chr3:52704896 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C58,C68,C77
Chr3:52704916 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 11 B102,B28,B89,B92,C14,C21,C33,C42,C78,D1,D5
Chr3:52704917 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C27,C77,C86
Chr3:52704928 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A8,B20
Chr3:52704929 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B54
Chr3:52704931 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942257.1
GGGCCTGTTGACTTGGCTTTCGATAGTGCTAGCAAGATTGATTGGTTTTTAAGTTTTAGCGAAGAGGATCGCCAAATCTGTAACATTTTGACCGAGGCCAACTTGCGAGTTAGCTCTTTGTGGAGCCGCGTGCCTGCAGATCATAGGATGTCGAAGTCATATGTTACCCCTCTGCTTGGGAAGGGCGCTGCCATGGATGTGATCCGTAAGAATAGGCAGAAGACTGCTAGCTCGAGCGGCGCGGTTACAGCTGATGGTGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131014324
ATGGGGAGTGGCAGCGTGGCTAGTGAGCTCTTCGATCATGCCTTCTTGAGTTTGCAGAAAGCCGCCTTCCTCATGGAGAGGACTGTTGCTATGGAGGCGGAGCTTAGCGAGTTGAGGGCCGAGCGGGAGAACTGGAAGGGAGAGATGACGGCTGTCAAGAAGACGCGTGATGAGGCCCGTCAGGTTGTCAAGAAGTTGGAGTCTGCCAAGTTGGAAGATGCTCGCCGGCTGGAGCGGGCTGTAGCGGACTGCAAGGAACT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057798240.1
MGSGSVASELFDHAFLSLQKAAFLMERTVAMEAELSELRAERENWKGEMTAVKKTRDEARQVVKKLESAKLEDARRLERAVADCKELEAKVVALEQQVLYKSCETEVRVRGEMALAYLENQPPKTWDVQQYIDEFNEWKAGQEEQEMQLASNFAGMTTGDDHP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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