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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002211

染色体: Chr01 坐标: 38435503-38439030 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002211
名称SmilChr01G002211
描述uncharacterized SmilChr01G002211
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向38435503 - 38439030 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014337
GeneID131014337
locus_tag-
NCBI NameLOC131014337
原始查询LOC131014337

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述zinc finger/BTB domain protein, putative (DUF1644) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843142]; symbol=AT1G68140; hit=AT1G68140; species=arabidopsis; confidence=high
产物zinc finger/BTB domain protein, putative (DUF1644) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843142]; symbol=AT1G68140; hit=AT1G68140; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G68140 (AT1G68140)
zinc finger/BTB domain protein, putative (DUF1644) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843142]
identity=56.2; qcov=0.601; evalue=1.67e-77; confidence=high
RiceOs02g0770600 (OJ1079_F11.33-1)
-
identity=49.8; qcov=0.715; evalue=5.46e-73; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF07800 (DUF1644)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014337

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057798255.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057798255.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057798255.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057798255.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057798255.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:38435862 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A3,B127,C1
Chr1:38435872 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108
Chr1:38435908 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B23,B88,C11,C69
Chr1:38435917 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B102,B71,C56,C87
Chr1:38435926 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B130
Chr1:38436027 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A16,B138,B4,B68,C86
Chr1:38436472 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B49
Chr1:38436506 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B28,B49
Chr1:38436583 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B127,C1
Chr1:38436613 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A1
Chr1:38436656 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B18
Chr1:38436695 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798255.1
323 aa
N
1
162
323
DUF1644
C
PF07800 DUF1644 50-216 aa
XP_057798263.1
323 aa
N
1
162
323
DUF1644
C
PF07800 DUF1644 50-216 aa
XP_057798269.1
323 aa
N
1
162
323
DUF1644
C
PF07800 DUF1644 50-216 aa
XP_057798278.1
323 aa
N
1
162
323
DUF1644
C
PF07800 DUF1644 50-216 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057798255.1 Pfam PF07800 DUF1644 Family 50 216 3.1e-65 220.0 Protein of unknown function (DUF1644)
XP_057798263.1 Pfam PF07800 DUF1644 Family 50 216 3.1e-65 220.0 Protein of unknown function (DUF1644)
XP_057798269.1 Pfam PF07800 DUF1644 Family 50 216 3.1e-65 220.0 Protein of unknown function (DUF1644)
XP_057798278.1 Pfam PF07800 DUF1644 Family 50 216 3.1e-65 220.0 Protein of unknown function (DUF1644)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942272.1
AAATTTCCCAAAGCTAATTATATTGGGGCCTTTAATTTGAAGACCGCAAGCCGTGACATAAAAATGTGGTAAATGAATAGAAAGAGACAGAGACATTAAATCTGCTTTGCTATATTTTCTCGACAAAGTCTATCCCCTCACTTTGTTAGCTCACACCTGCGCGATTCCTTCTGCTGAAGATTAAGGCAGGGGTGTCATCGTGGGGTCAAATTGTTTGAATGGCAAAATCCAAGAAGATGCGGTCGGAAGTTGGCTCCCGA...
XM_057942286.1
TGACATAAAAATGTGGTAAATGAATAGAAAGAGACAGAGACATTAAATCTGCTTTGCTATATTTTCTCGACAAAGTCTATCCCCTCACTTTGTTAGCTCACACCTGCGCGATTCCTTCTGCTGAAGATTAAGGTAGTTGCTGTGAAACCCCAAATTTCATGGTTTCATGTGTAAAGTACTAGATTACTTGCGGGCATTGGAAGTGTTTTTTAGGACTACTTTGGCCATTCGCCCCGTTATGAGGCCAAGAATGCTACTTC...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131014337
ATGGCAAAATCCAAGAAGATGCGGTCGGAAGTTGGCTCCCGATGCCATGGTGCTACCCTGCATAAGTTATCATCTGGGCGTAAGAAGGCTTGCGGAGACGCACACCAAGAAAAGCAACGACCGAGTGCATCCGAAAAGAAAGAGTGGGACAACGCTGTATGTTCCATCTGCTTAGAGTCTCCTCACAATGCGGTCCTCCTGCTTTGTTCCTCGTATGAGAAGGGTTGCCGTCCCTACATGTGTGCTACGAGCAACCGATA...
LOC131014337
ATGGCAAAATCCAAGAAGATGCGGTCGGAAGTTGGCTCCCGATGCCATGGTGCTACCCTGCATAAGTTATCATCTGGGCGTAAGAAGGCTTGCGGAGACGCACACCAAGAAAAGCAACGACCGAGTGCATCCGAAAAGAAAGAGTGGGACAACGCTGTATGTTCCATCTGCTTAGAGTCTCCTCACAATGCGGTCCTCCTGCTTTGTTCCTCGTATGAGAAGGGTTGCCGTCCCTACATGTGTGCTACGAGCAACCGATA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057798255.1
MAKSKKMRSEVGSRCHGATLHKLSSGRKKACGDAHQEKQRPSASEKKEWDNAVCSICLESPHNAVLLLCSSYEKGCRPYMCATSNRYSNCLEQYSKASTKVTSNLDTQSWEGSIASFNLFEESGCPNAKSELSELLCPLCRSEVKGWTVVEPARRYLNSKKRACTQEDCSFAGTYKEIKKHVKVEHPKACPRDIDPSLVEKWKKLEREQDLSDVFSTIRANMPGAVVLGDYVIEGNHGISGGVYDDEDGFFENTFFRFPT...
XP_057798263.1
MAKSKKMRSEVGSRCHGATLHKLSSGRKKACGDAHQEKQRPSASEKKEWDNAVCSICLESPHNAVLLLCSSYEKGCRPYMCATSNRYSNCLEQYSKASTKVTSNLDTQSWEGSIASFNLFEESGCPNAKSELSELLCPLCRSEVKGWTVVEPARRYLNSKKRACTQEDCSFAGTYKEIKKHVKVEHPKACPRDIDPSLVEKWKKLEREQDLSDVFSTIRANMPGAVVLGDYVIEGNHGISGGVYDDEDGFFENTFFRFPT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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