Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G003455`

染色体: Chr03 坐标: 52920295-52924936 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G003455`
名称	SmilChr03G003455
描述	DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 3, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	52920295 - 52924936 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131014342`
GeneID	`131014342`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131014342`
原始查询	`LOC131014342`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 3, chloroplastic
产物	DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 3%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT5G26742` (emb1138) DEAD box RNA helicase (RH3) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832713] identity=70.8; qcov=0.833; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0827700` (OsRH3) - identity=74.5; qcov=0.751; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0003723 (RNA binding); GO:0004386 (helicase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF00098 (zf-CCHC); PF00270 (DEAD); PF00271 (Helicase_C); PF04851 (ResIII); PF08152 (GUCT); PF26142 (DD_DDX21-DDX50)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131014342

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057798259.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	1.00000	`XP_057798259.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057798259.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057798259.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057798259.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:52920823`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B96
`Chr3:52920861`	`CGA`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	81	A14,A15,A18,A2,A20,A25,A3,B100,B102,B103,B104,B105,B117,B118,B127,B128,B129,B13,B133,B134,B135,B136,B138,B18,B25,B34,B36,B37,B44,B45,B49,B50,B51,B53,B56,B6,B61,B65,B66,B68,B71,B72,B77,B78,B8,B85,B86,B88,B96,B98,C10,C11,C13,C18,C20,C23,C26,C27,C31,C33,C34,C37,C46,C49,C53,C56,C57,C6,C62,C64,C66,C67,C69,C7,C70,C77,C79,C81,C83,C86,D8
`Chr3:52920865`	`T`	`TAC`	2bp_insertion	frameshift_variant	82	A14,A15,A18,A2,A20,A25,A3,B100,B102,B103,B104,B105,B117,B118,B127,B128,B129,B13,B133,B134,B135,B136,B138,B18,B25,B34,B36,B37,B44,B45,B49,B50,B51,B53,B56,B6,B61,B65,B66,B68,B71,B72,B76,B77,B78,B8,B85,B86,B88,B96,B98,C10,C11,C13,C18,C20,C23,C26,C27,C31,C33,C34,C37,C46,C49,C53,C56,C57,C6,C62,C64,C66,C67,C69,C7,C70,C77,C79,C81,C83,C86,D8
`Chr3:52920978`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A22
`Chr3:52921079`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B97
`Chr3:52921168`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B117,B53,B8
`Chr3:52921656`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr3:52922558`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B105,C34,C6,C64,C66
`Chr3:52923832`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A24,B82
`Chr3:52924463`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A19
`Chr3:52924611`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A14,B129,B50,C33

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798259.1

795 aa

398

795

DEAD

ResIII

Helicase_C

DD_DDX21-DDX50

GUCT

zf-CCHC

PF00270 DEAD 136-307 aa PF04851 ResIII 149-301 aa PF00271 Helicase_C 345-453 aa PF26142 DD_DDX21-DDX50 489-537 aa PF08152 GUCT 540-640 aa PF00098 zf-CCHC 775-790 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057798259.1`	Pfam	`PF00270`	DEAD	Domain	136	307	1.9e-46	158.6	DEAD/DEAH box helicase
`XP_057798259.1`	Pfam	`PF04851`	ResIII	Family	149	301	1.5e-08	35.5	Type III restriction enzyme, res subunit
`XP_057798259.1`	Pfam	`PF00271`	Helicase_C	Domain	345	453	5.3e-35	120.7	Helicase conserved C-terminal domain
`XP_057798259.1`	Pfam	`PF26142`	DD_DDX21-DDX50	Domain	489	537	2.1e-17	63.6	DDX21/DDX50 dimerisation domain
`XP_057798259.1`	Pfam	`PF08152`	GUCT	Domain	540	640	1.7e-15	57.7	GUCT (NUC152) domain
`XP_057798259.1`	Pfam	`PF00098`	zf-CCHC	Domain	775	790	3.7e-07	30.6	Zinc knuckle

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057942276.1
GTTAAACCCTGTGTGAATAGAGGTGGAAGTCGGGAGTACCATACAAACGTAAACCCCTCCACCCTTATCCTCTCGCTCTCTGCAACACTCTTATCCCGTTTCTCCCCGCCTCTCTCACCATGGCTTCCTCTTCGCTCCGTGTCCCCTCCTTATGCCGGACCAACCCCTCTGTTGAGAATTGCAGAAAGCCCTCTTCATCTGCTCCCGTATCCCTCCATTTCTCCGCCGCCCACAACCCATTCAGGCTCTTTTCTTCCCGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131014342
ATGGCTTCCTCTTCGCTCCGTGTCCCCTCCTTATGCCGGACCAACCCCTCTGTTGAGAATTGCAGAAAGCCCTCTTCATCTGCTCCCGTATCCCTCCATTTCTCCGCCGCCCACAACCCATTCAGGCTCTTTTCTTCCCGCCCTAACTCCATCGTCGGCCCTTCCATCTCATTCGTTCCTTCGGCGGTCGCCACGCCCAACTCCTCCCTCTTGAGCGAGGAAGCCTTCGGACTCGGAAGGTTTGCGAAGGGCACCCTCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057798259.1
MASSSLRVPSLCRTNPSVENCRKPSSSAPVSLHFSAAHNPFRLFSSRPNSIVGPSISFVPSAVATPNSSLLSEEAFGLGRFAKGTLDVSDTEYEYSEGEAEGIEAVADDELEISKLGLPQRFVDTLVKRGINSLFPIQRAVLMPAFEGRDIIARAKTGTGKTLAFGIPIIKGLDDLQQGKDSLRRGRLPKVLVLAPTRELAKQVEKEFKESAPYLNTVCIYGGVSYNAQESALSRGIDVVVGTPGRIIDLIKNNSLKLGE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器