Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G003458`

染色体: Chr03 坐标: 52963098-52968142 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G003458`
名称	SmilChr03G003458
描述	uncharacterized SmilChr03G003458
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	52963098 - 52968142 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131014344`
GeneID	`131014344`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131014344`
原始查询	`LOC131014344`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131014344

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057798262.1`
2	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057798262.1`
3	Mitochondrion	线粒体	0.20000	`XP_057798262.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057798262.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057798262.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:52967027`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	131	A1,A13,A14,A15,A18,A2,A20,A21,A25,A3,A4,B1,B101,B102,B103,B105,B107,B108,B110,B112,B113,B117,B118,B119,B123,B127,B128,B13,B130,B132,B133,B137,B14,B140,B16,B18,B23,B25,B26,B27,B3,B34,B35,B36,B37,B38,B39,B4,B44,B45,B46,B47,B49,B5,B51,B53,B56,B57,B59,B6,B61,B63,B65,B66,B67,B68,B7,B71,B72,B75,B76,B77,B78,B8,B81,B83,B85,B86,B88,B9,B91,B94,B96,B97,C10,C11,C12,C13,C18,C21,C22,C23,C25,C27,C28,C29,C30,C31,C32,C34,C36,C37,C39,C4,C41,C43,C46,C49,C50,C54,C55,C56,C58,C62,C64,C66,C67,C68,C69,C77,C8,C81,C82,C83,C85,C86,C87,D2,D4,D6,D8
`Chr3:52967030`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A14,B129,B50,C33
`Chr3:52967031`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A10,B100,C48
`Chr3:52967057`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B105,C34,C6,C64,C66

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

8 records

下载 cDNA FASTA

XR_009098175.1
TTATGAACCAAATGCTAAAACATCAACGCCTCTAATTAATTACTAAAATAAAAATATCAGATAGTGCAACCAACACAATCAAACTCCGATTTTTAATGCTTATTATGATTGCAAATCTGAATATCATTTTTACTAATTTATTTATTACCCAGGAAGCAAGATTTTATGATGACACGTGGCAGAATATCGGGTGTGCAGTGAAGGCTTTATACGTATTTCGTGTAATTAGCAAGAAAACCGACACGAATCGAAAGCAGCAT...

XR_009098180.1
TTATGAACCAAATGCTAAAACATCAACGCCTCTAATTAATTACTAAAATAAAAATATCAGATAGTGCAACCAACACAATCAAACTCCGATTTTTAATGCTTATTATGATTGCAAATCTGAATATCATTTTTACTAATTTATTTATTACCCAGGAAGCAAGATTTTATGATGACACGTGGCAGAATATCGGGTGTGCAGTGAAGGCTTTATACGTATTTCGTGTAATTAGCAAGAAAACCGACACGAATCGAAAGCAGCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131014344
ATGTCTGATAAAGATCGGACGGACGGCGGAGGAAGCGATGAAGAGGACAGAGAAGGGAGGGAGGGCAAGTGTAAGGGTTGTGGGAGAAAAAAGGGCAAAAGATTGCCCTTCTTTCGGCTGAGGAAGAGCAAGAAACTGCTTCACCAGAAACGGACGCAGAGTGGCATTTGTGTAAGTTCACGGGGTTGGGGCAGAAGGGCCAACGGCGGCGGTGGTGGATGGTGTTGCTTGTGCCTGCGCCAGCCCAAGACTCTCGATTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057798262.1
MSDKDRTDGGGSDEEDREGREGKCKGCGRKKGKRLPFFRLRKSKKLLHQKRTQSGICVSSRGWGRRANGGGGGWCCLCLRQPKTLDSSGKITEISIESPFSWKLFYRASSLIWFRSSISAS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器