Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G003464`

染色体: Chr03 坐标: 53053836-53056129 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G003464`
名称	SmilChr03G003464
描述	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	53053836 - 53056129 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131014351`
GeneID	`131014351`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131014351`
原始查询	`LOC131014351`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial
产物	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8%2C mitochondrial
Arabidopsis	`AT5G47570` (AT5G47570) NADH dehydrogenase ubiquinone 1 beta subcomplex subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834807] identity=87.2; qcov=1; evalue=3.21e-67; confidence=high
Rice	`Os10g0551600` (OSJNBa0015J15.32) - identity=72.8; qcov=1; evalue=8.09e-62; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131014351

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057798279.1`
2	Mitochondrion membrane	线粒体膜	1.00000	`XP_057798279.1`
3	Mitochondrion inner membrane	线粒体内膜	1.00000	`XP_057798279.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057798279.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057798279.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:53054172`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C30
`Chr3:53054231`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B107
`Chr3:53054293`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B93
`Chr3:53054701`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	7	B104,B107,B122,B49,B93,C28,C9
`Chr3:53055876`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B125,C73

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057942296.1
AAGGACCGTAAGTATTTATTTTATAGGTTATTTTTGTTTTGACCCATTGTATTACTATCAAATAGTAACTATTTTGATTATTACTATATCTCCATAAATTTTGAAGTTACAATGTTTACATATGTTTTTCAAATTAATAGGAAAAGAAACATATGTTTAAAAATTAAAAATGCATAAAAATATTGTGTATGCATCGCATAGGGATTAGGGGGTCATTCATTTGCTCAGTGCACCGAGCAGCTAATTGAAGAATCACCGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131014351
ATGGCAGCAAGGTTGAGCCACGTAGCATCACGGATCATGGGTGCTAACGGCGTCGTTTCGCGTTCCGCGGCCTCCTCTCTCCGCCAGCGCTCCGGGATGGGCCTCCCTGTCGGAAAGCATATCGTCCCCGATAAACCGCTTCCTGTAAATGATGAACTTGTGTGGGATAACGGGACTCCGTTTCCAGAACCTTGCATCGACCGAATTGCTGATACTGTTGGAAAGTATGAAGCATTGGCGTGGTTGTGCGGTGGGTTGGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057798279.1
MAARLSHVASRIMGANGVVSRSAASSLRQRSGMGLPVGKHIVPDKPLPVNDELVWDNGTPFPEPCIDRIADTVGKYEALAWLCGGLGFFVSLGLLAVWNDKASKIPFAPKVYPYDNLRVELGGEP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器